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Tribunale federale
Tribunal federal
 
{T 0/2}
2A.471/2005/fco
 
Sitzung vom 10. November 2006
II. Öffentlichrechtliche Abteilung
 
Besetzung
Bundesrichter Merkli, Präsident,
Bundesrichter Betschart, Wurzburger, Müller,
Bundesrichterin Yersin
Gerichtsschreiber Küng.
 
Parteien
A.________,
Beschwerdeführerin, vertreten durch Baryon AG,
 
gegen
 
Kantonales Steueramt Zürich,
Dienstabteilung Recht, Sumatrastrasse 10, 8090 Zürich,
Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich, Postfach, 8090 Zürich.
 
Gegenstand
ausserordentliche Einkünfte 1998 (Direkte Bundessteuer 1997/98),
 
Verwaltungsgerichtsbeschwerde gegen den Entscheid der Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich
vom 15. Juni 2005.
 
Sachverhalt:
A.
A.________ war Verwaltungsratspräsidentin und Alleinaktionärin der B.________ Aktiengesellschaft für Heilmittel (im Folgenden: B.________ AG). Im Juni 1998 verkaufte sie rückwirkend auf den 1. Januar 1998 sämtliche Aktien (100 Namenaktien à nominal Fr. 500.--) für Fr. 10 Mio. an die damals in Gründung befindliche C.________ Holding AG; deren Aktionäre waren die Mitglieder der Geschäftsleitung der B.________ AG. Die Zahlung des Kaufpreises war wie folgt vereinbart: Fr. 6 Mio. gegen Übergabe und Indossierung der 100 Namenaktien; die restlichen Fr. 4 Mio. in Teilzahlungen zu mindestens je Fr. 1 Mio. spätestens bis 31. Dezember der Jahre 2003 bis 2006.
Die C.________ Holding AG wurde am 27. August 1998 im Handelsregister des Kantons Zug eingetragen. Sie verfügte 1998 über ein Aktienkapital von Fr. 100'000.-- sowie Agioreserven von Fr. 900'000.--. Den Kaufpreis finanzierte sie im Umfang von Fr. 1 Mio. aus eigenen Mitteln. Für Fr. 5 Mio. beanspruchte sie ein ihr von der D.________ Bank - gegen Verpfändung ihrer Aktien sowie derjenigen der B.________ AG - gewährtes Darlehen. Für den Restbetrag von Fr. 4 Mio. gewährte A.________ der Käuferin ein zinsloses Darlehen (rückzahlbar in jährlichen Raten à Fr. 1 Mio., erstmals per 31. Dezember 2003), für welches ihr ein Nachpfandrecht (Rangrücktritt zu Gunsten der D.________ Bank) an den Aktien der B.________ AG eingeräumt wurde.
Anlässlich einer im März 2002 durchgeführten Revision der Geschäftsjahre 1997 bis 1999 der B.________ AG qualifizierte der Steuerrevisor den Kauf eines Elektrovelos (Fr. 2'004.--) sowie die Aufwendungen für Beratungsleistungen (Fr. 135'325.--) im Zusammenhang mit dem Verkauf der B.________-Aktien, die der Erfolgsrechnung 1998 belastet worden waren, als verdeckte Gewinnausschüttungen und nahm deren Aufrechnung beim Reingewinn der B.________ AG pro 1998 vor.
Gemäss Veranlagungsvorschlag vom 19. September 2003 beabsichtigte der Steuerkommissär, für das Steuerjahr 1998 bei A.________ diese verdeckten Gewinnausschüttungen sowie den die Eigenmittel der Käuferin von Fr. 1 Mio. übersteigenden Erlös aus dem Verkauf der B.________-Aktien, d.h. Fr. 9 Mio. als Beteiligungsertrag aus indirekter Teilliquidation (Art. 20 Abs. 1 lit. c des Bundesgesetzes vom 14. Dezember 1990 über die direkte Bundessteuer [DBG; SR 642.11]) und damit als ausserordentliche Einkünfte im Sinne von Art. 218 Abs. 2 und 3 DBG zu besteuern. Nachdem A.________ am 22. März 2004 erklärt hatte, der Kaufpreis von Fr. 6 Mio. sei mit Wirkung auf den 1. Januar 1998 vollumfänglich aus Mitteln der C.________ Holding AG bezahlt worden und die Restschuld betrage nach wie vor Fr. 4 Mio., teilte ihr der Steuerkommissär am 7. April 2004 mit, die Problematik der indirekten Teilliquidation sei angesichts der aktuellen Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung "erledigt". Dementsprechend wurden bei der Veranlagung für die direkte Bundessteuer 1997/98 von A.________ am 3. Juni/25. August 2004 nur die verdeckten Gewinnausschüttungen der B.________ AG an sie als Alleinaktionärin im Betrag von Fr. 137'300.-- der Sondersteuer für ausserordentliche Einkünfte unterworfen (Steuerbetrag Fr. 7'941.80).
Mit vorzeitiger Einsprache vom 19. Juli 2004, die am 27. August 2004 bestätigt wurde, beantragte A.________ dem Kantonalen Steueramt Zürich, ihre ausserordentlichen Einkünfte für das Steuerjahr 1998 seien mit Fr. 0.-- zu veranlagen.
Im Einspracheverfahren eröffnete das Kantonale Steueramt Zürich A.________, gestützt auf das Urteil des Bundesgerichts 2A.331/2003 vom 11. Juni 2004 werde der Erlös aus dem Verkauf der B.________-Aktien nun doch als Beteiligungsertrag aus indirekter Teilliquidation gewürdigt. Im weiteren Verfahren teilte A.________ mit, der ursprüngliche Kaufpreis sei mit Vereinbarung vom 8. September 2004 nachträglich auf Fr. 8,05 Mio. herabgesetzt worden. Mit Einspracheentscheid vom 20. Januar 2005 unterwarf das Kantonale Steueramt Zürich neben den beiden verdeckten Gewinnausschüttungen auch die Differenz von Fr. 9 Mio. zwischen dem Verkaufserlös (Fr. 10 Mio.) und den Eigenmitteln der Käuferin (einbezahltes Aktienkapital Fr. 100'000.-- sowie Agioreserven Fr. 900'000.--) als 1998 erzielter Beteiligungsertrag von A.________ aus indirekter Teilliquidation für die direkte Bundessteuer 1997/98 der Sondersteuer für ausserordentliche Einkünfte (Steuerbetrag Fr. 1'050'789.50).
Gegen den Einspracheentscheid wandte sich A.________ an die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich. Diese hiess die Beschwerde teilweise gut, indem sie die Aufrechnung der Kosten für den Kauf eines Elektrovelos ablehnte; in Bezug auf die Aufrechnung des Beratungsaufwandes von Fr. 135'325.-- wies sie die Beschwerde ab. Weiter wurde der von A.________ im Jahr 1998 tatsächlich realisierte Beteiligungsertrag aus indirekter Teilliquidation herabgesetzt auf Fr. 5'254'658.40 (Teilzahlung von Fr. 6 Mio., abzüglich anteilmässige, von der Käuferin aufgewendete Eigenmittel von Fr. 745'341.60 [6 Mio. : 8,05 Mio. x 1 Mio.]).
B.
Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde vom 28. Juli 2005 beantragt A.________ dem Bundesgericht zur Hauptsache, den Entscheid der Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich vom 15. Juni 2005 aufzuheben.
Die Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich hat auf eine Vernehmlassung verzichtet.
Das Kantonale Steueramt Zürich stellt den Antrag auf Abweisung der Beschwerde, soweit darauf einzutreten sei.
Die Eidgenössische Steuerverwaltung schliesst auf Abweisung der Beschwerde.
 
Das Bundesgericht zieht in Erwägung:
1.
1.1 Gegen letztinstanzliche kantonale Entscheide betreffend die direkte Bundessteuer ist die Verwaltungsgerichtsbeschwerde zulässig (Art. 97 Abs. 1 OG in Verbindung mit Art. 98 lit. g OG und Art. 146 DBG). Die Beschwerdeführerin ist als Steuerpflichtige nach Art. 103 lit. a OG zur Beschwerdeführung legitimiert. Auf die form- und fristgerecht erhobene Beschwerde ist demnach einzutreten.
1.2 Mit Verwaltungsgerichtsbeschwerde kann die Verletzung von Bundesrecht, einschliesslich Überschreitung oder Missbrauch des Ermessens sowie die unrichtige oder unvollständige Feststellung des rechtserheblichen Sachverhalts gerügt werden (Art. 104 lit. a und b OG). Hat jedoch - wie hier - eine richterliche Behörde als Vorinstanz entschieden und den Sachverhalt nicht offensichtlich unrichtig, unvollständig oder unter Verletzung wesentlicher Verfahrensvorschriften festgelegt, ist das Bundesgericht an ihre Sachverhaltsfeststellungen gebunden (Art. 105 Abs. 2 OG). Offensichtlich unrichtig ist eine Sachverhaltsermittlung nicht schon dann, wenn sich Zweifel anmelden, sondern erst, wenn sie eindeutig und augenfällig unzutreffend ist. Im Verfahren der Verwaltungsgerichtsbeschwerde wendet das Bundesgericht das Bundesrecht von Amtes wegen an. In Abgabestreitigkeiten ist es weder an die Begehren noch an deren Begründung gebunden (Art. 114 Abs. 1 OG). Es kann die Beschwerde auch aus andern als den geltend gemachten Gründen gutheissen oder abweisen (BGE 128 II 34 E. 1c).
2.
2.1 Nach Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG sind als Erträge aus beweglichem Vermögen insbesondere Dividenden, Gewinnanteile, Liquidationsüberschüsse und geldwerte Vorteile aus Beteiligungen aller Art einschliesslich Gratisaktien und unentgeltlichen Erhöhungen des Nennwertes von Aktien steuerbar. Zu diesen Erträgen gehören unter anderen die verdeckten Gewinnausschüttungen im Sinne von Art. 58 Abs. 1 lit. b DBG. Als solche gelten die von der Gesellschaft an Aktionäre - oder diesen nahestehende (natürliche oder juristische) Personen - zugewendeten geldwerten Vorteile, die einem an der Gesellschaft nicht beteiligten Dritten nicht eingeräumt würden (vgl. BGE 119 Ib 116 E. 2; Urteil 2P.128/2003 vom 13. August 2004 E. 3.1 und 3.2, publ. in: StE 2004 B 24.4 Nr. 71).
2.2 Streitig sind im vorliegenden Fall Aufwendungen im Zusammenhang mit dem Aktienverkauf der Beschwerdeführerin an die Käuferin, welche auf dem Konto "Beratungen" des Geschäftsjahres 1998 der B.________ AG im Betrag von Fr. 135'325.-- (F.________ AG Fr. 118'200.-- und G.________ Fr. 17'125.--) verbucht worden sind. Diese wurden von der Kantonalen Steuerverwaltung - mit der Begründung, sie hätten von der Verkäuferin und der Käuferin getragen werden müssen - der Gesellschaft als verdeckte Gewinnausschüttungen beim Reinertrag aufgerechnet. Die B.________ AG hat ihre dem entsprechende Veranlagung vom 27. August 2002 anerkannt; diese ist in Rechtskraft erwachsen (vgl. Einspracheentscheid vom 20. Januar 2005).
2.3 Die Beschwerdeführerin bestreitet nicht grundsätzlich das Vorliegen einer verdeckten Gewinnausschüttung im dargelegten Umfang. Sie wendet indessen ein, der entsprechende Vorteil sei nicht ihr zugekommen. Die Beratungsverträge mit F.________ AG und G.________ seien denn auch durch die Käuferin abgeschlossen worden; die Berater seien entgegen den tatsachwidrigen Feststellungen der Vorinstanz nicht für beide Parteien tätig gewesen. Insbesondere habe sie aber keinerlei Kenntnisse von diesen Aufrechnungen gehabt. Sie habe erst mit Einschätzungsvorschlag vom 19. September 2003 erfahren, dass eine verdeckte Gewinnausschüttung zu ihren Gunsten vorliegen solle; die entsprechenden Rechtstitel seien ihr erst am 27. Oktober 2004 durch den Steuerkommissär bekanntgegeben worden; sie habe sich daher erstmals zu diesem Zeitpunkt zu den Aufrechnungen äussern können; damit sei ihr das rechtliche Gehör bezüglich der Begründung der Aufrechnungen verweigert worden.
2.4 Die Vorinstanz hat zwar eingeräumt, die detaillierte Berechnung des auf die Beschwerdeführerin entfallenden Anteils an den Beratungskosten lasse sich nicht mehr lückenlos nachvollziehen, da die Handakten des Revisors inzwischen vernichtet worden seien. Aus den der Beschwerdeführerin in Nachachtung ihres Gehörsanspruches zugänglich gemachten Unterlagen des Revisions- und Veranlagungsverfahrens der B.________ AG ergebe sich jedoch, dass das Kantonale Steueramt der B.________ AG zunächst einen Einschätzungsvorschlag unterbreitet habe, in welchem eine Aufrechnung auf dem Konto "Beratungen" von Fr. 313'670.-- vorgesehen war. Offenbar auf Grund von Einwendungen der B.________ AG sei die Aufrechnung auf den heute streitigen Betrag reduziert und in diesem Umfang auch anerkannt worden. Dies genüge grundsätzlich für den Nachweis einer geldwerten Leistung an die Beschwerdeführerin bzw. die Käuferin. Die Beschwerdeführerin sei sodann bis zur Löschung im Handelsregister am 14. Juli 1998 Alleinaktionärin und Präsidentin des Verwaltungsrates mit Einzelunterschrift der B.________ AG gewesen. Damit sei zu vermuten, dass sie über die erforderlichen Kenntnisse verfügt habe, um im Veranlagungsverfahren substantiiert Stellung zu nehmen, wenn sie die auf Stufe Gesellschaft rechtskräftig festgestellte verdeckte Gewinnausschüttung nicht als Beteiligungsertrag gegen sich selber gelten lassen wollte. Die Käuferin, zu deren Gunsten die Beratung nach der Darstellung der Beschwerdeführerin erbracht worden sei, habe im Vorfeld der Aktientransaktion erst in Gründung gestanden. Zwischen ihr und dem designierten und späteren Verwaltungsratspräsidenten und Mehrheitsaktionär der Käuferin (Dr. E.________) habe ein so enges, ungewöhnlich weitgehendes Vertrauensverhältnis bestanden, dass sie diesem - trotz des offenkundigen Interessenkonfliktes - das Aushandeln der Transaktionsbedingungen überlassen habe. Damit sei für die Beschwerdeführerin erkennbar gewesen, dass die Leistungen der Berater im Vorfeld der Aktientransaktion ihr bzw. der Käuferin zu Gute kamen und kein Konnex zur betrieblichen Tätigkeit der B.________ AG bestanden habe. Als zu diesem Zeitpunkt alleinige Aktionärin der B.________ AG müsse sie sich auf Grund der besonderen persönlichen Beziehung zwischen ihr und der ihr - über die Person des wichtigsten Gesellschafters und Mehrheitsaktionärs - nahestehenden Käuferin die Beratungsaufwendungen als geldwerten Vorteil anrechnen lassen.
Was die Beschwerdeführerin vorbringt, lässt diese tatsächlichen Feststellungen und Schlüsse weder als aktenwidrig noch unhaltbar erscheinen. Da sie nach eigener Darstellung Dr. E.________, der noch von ihrem verstorbenen Ehemann als Geschäftsführer der B.________ AG engagiert worden sei und von dessen Loyalität sie überzeugt war, die alleinige Führung der Verkaufsverhandlungen überlassen hat, ist mit der Vorinstanz davon auszugehen, dass die in Frage stehenden Beratungsleistungen tatsächlich für beide Vertragsparteien erbracht worden sind und sich nicht abgrenzen lassen. Ohne das bestehende Vertrauensverhältnis zwischen der Beschwerdeführerin und der Käuferin wären diese Kosten offensichtlich nicht von der damals noch im alleinigen Eigentum der Beschwerdeführerin stehenden B.________ AG übernommen worden. Davon, dass die verdeckte Gewinnausschüttung nicht hinreichend nachgewiesen sei, kann demnach keine Rede sein.
2.5 Zur Verletzung des rechtlichen Gehörs ist anzumerken, dass der Beschwerdeführerin bereits am 19. September 2003 ein Veranlagungsvorschlag zugestellt wurde, in welchem ausdrücklich auf den Einschätzungsvorschlag für die Staats- und Gemeindesteuern verwiesen wurde (" ... wie für die StSt"); auf diesem beigelegten Vorschlag war die verdeckte Gewinnausschüttung ausreichend spezifiziert, um der Beschwerdeführerin eine sachgerechte Anfechtung derselben zu ermöglichen. Dennoch wandte sie sich in ihrer Eingabe vom 22. Dezember 2003 gemäss ihrem Antrag ausdrücklich allein gegen die Aufrechnung der Fr. 9 Mio. aus indirekter Teilliquidation. Es kommt hinzu, dass eine allfällige Gehörsverletzung im Einspracheverfahren, in welchem die Beschwerdeführerin erstmals förmlich Akteneinsicht bezüglich der verdeckten Gewinnausschüttungen beantragte, umfassende Einsicht in das Revisionsprotokoll sowie die relevanten Auszüge aus der Buchhaltung der B.________ AG erhalten hat, geheilt worden wäre (vgl. dazu Martin Zweifel, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, Bd. I/2b, Zürich 2000, N 5 zu Art. 135 DBG; Felix Richner/Walter Frei/Stefan Kaufmann, Handkommentar zum DBG, Zürich 2003, N 4 zu Art. 134 DBG).
2.6 Die Vorinstanz durfte aus diesen Gründen ohne Verletzung von Bundesrecht die bei der B.________ AG rechtskräftig veranlagte verdeckte Gewinnausschüttung für Beratungen im Betrag von Fr. 135'325.-- der Beschwerdeführerin als geldwerten Vorteil im Sinne von Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG anrechnen.
2.7 Dass diese verdeckte Gewinnausschüttung im Kanton Zürich zu den ausserordentlichen Einkünften im Sinne von Art. 218 Abs. 3 DBG zu zählen ist, wird von der Beschwerdeführerin zu Recht nicht in Frage gestellt.
3.
3.1 Die Beschwerdeführerin wendet sich gegen die Besteuerung des die Eigenmittel der Käuferin übersteigenden Verkaufserlöses im Betrag von Fr. 9 Mio. als Vermögensertrag.
3.2 Sie beruft sich in diesem Zusammenhang insbesondere auf eine Verletzung des Grundsatzes von Treu und Glauben (Art. 9 BV). Dabei stützt sie sich auf eine am 7. April 2004 telefonisch erteilte Auskunft des Steuerkommissärs, nach welcher dieser erklärte, "die Problematik indirekte Teilliquidation" sei "auf Grund der ... erbrachten Nachweise und dem heutigen Stand der ESTV-Praxis" - nach welcher die blosse Verpfändung der erworbenen Aktien zu keiner Entreicherung der Gesellschaft führte - erledigt; in Übereinstimmung mit dieser Auskunft sei denn auch der Hinweis vom 3. Juni 2004 ergangen, gemäss welchem für die Veranlagung der direkten Bundessteuer nur die Aufrechnung von ausserordentlichen Einkünften 1998 im Betrag von Fr. 137'300.-- vorgesehen war; entsprechend lautete auch die Veranlagungsverfügung vom 25. August 2004. Die Beschwerdeführerin macht geltend, weil ihr das rechtliche Gehör bezüglich der verdeckten Gewinnausschüttung nicht gewährt worden sei und sie deshalb deren Begründung nicht habe überprüfen können, habe sie sich gezwungen gesehen, gegen die Veranlagungsverfügung vom 25. August 2004 Einsprache zu erheben.
3.3 Dem ist zunächst entgegenzuhalten, dass die Beschwerdeführerin mit dem Hinweis vom 3. Juni 2004 über die beabsichtigte Besteuerung der verdeckten Gewinnausschüttungen im Bilde war. Wenn sie somit nicht bereits in jenem Zeitpunkt Einsicht in die bei der Kantonalen Steuerverwaltung liegenden Steuerakten nehmen wollte, hätte sie dies spätestens nach Zustellung der Veranlagungsverfügung vom 25. August 2004 tun können. Insbesondere verblieb ihr danach immer noch die 30-tägige Beschwerdefrist, um die ihres Erachtens noch erforderliche Einsicht in die Belege zu nehmen, bevor sie die ins Auge gefasste Einsprache einreichte. Es bestand somit kein Anlass zu einer zudem verfrühten Einsprache bereits am 19. Juli 2004, die am 27. August 2004 lediglich noch bestätigt wurde. Dass der Beschwerdeführerin die Einsicht in die entsprechenden Belege verwehrt worden sei, macht sie weder geltend noch ergeben sich dafür Anhaltspunkte aus den Akten.
3.4 Im Einspracheverfahren haben die Veranlagungsbehörde, die kantonale Verwaltung für die direkte Bundessteuer und die Eidgenössische Steuerverwaltung die gleichen Befugnisse wie im Veranlagungsverfahren (Art. 134 Abs. 1 DBG). Einem Rückzug der Einsprache wird keine Folge gegeben, wenn nach den Umständen anzunehmen ist, dass die Veranlagung unrichtig war (Art. 134 Abs. 2 DBG). Die Veranlagungsbehörde entscheidet gestützt auf die Untersuchung über die Einsprache; sie kann alle Steuerfaktoren neu festsetzen und, nach Anhören des Steuerpflichtigen, die Veranlagung auch zu dessen Nachteil abändern (Art. 135 Abs. 1 DBG).
Nach dieser Regelung umfasst die auf Einsprache hin durchgeführte Untersuchung die gesamte Veranlagung und nicht nur die vom Einsprecher geltend gemachten Punkte. Die Veranlagungsbehörde ist vielmehr berechtigt und verpflichtet, die angefochtene Veranlagungsverfügung umfassend sowohl in tatsächlicher als auch in rechtlicher Sicht zu überprüfen (Martin Zweifel, a.a.O., N 4 zu Art. 135 DBG). Soweit die Beschwerdeführerin vorbringt, sie habe die Einsprache in der Meinung erhoben, die Frage der indirekten Teilliquidation sei auf Grund des Hinweises erledigt und sie könne die Einsprache zurückziehen, sofern die Begründung für die verdeckte Gewinnausschüttung nachvollziehbar sei, geht sie somit von falschen rechtlichen Voraussetzungen aus. Der Einwand ist daher von vornherein unbehelflich.
3.5 Unter dem Gesichtspunkt von Treu und Glauben ist darauf hinzuweisen, dass in der Veranlagungsverfügung vom 25. August 2004 tatsächlich - wie der Steuerkommissär dies telefonisch zugesagt hatte - auf die Besteuerung des Ertrages aus indirekter Teilliquidation verzichtet wurde.
3.6 Die telefonische Auskunft des Steuerkommissärs erfolgte jedoch unter dem Vorbehalt der "heutigen Praxis" der Eidgenössischen Steuerverwaltung. Sie war daher mit einem klaren Vorbehalt einer allfälligen Änderung dieser Praxis verbunden. Auf Grund einer solchen mit Vorbehalt versehenen Auskunft durfte die Beschwerdeführerin entgegen ihrer Auffassung vernünftigerweise nicht davon ausgehen, dass der Steuerkommissär im Einspracheverfahren nicht auf seine frühere Beurteilung zurückkommen werde.
3.7 Gestützt auf den Entscheid des Bundesgerichts vom 11. Juni 2004 (2A.331/2003) erliess die Eidgenössische Steuerverwaltung am 8. September 2004 ein Rundschreiben an die kantonalen Verwaltungen für die direkte Bundessteuer mit der Weisung, die neue Rechtsprechung des Bundesgerichts, mit welcher der Tatbestand der indirekten Teilliquidation ausgedehnt worden sei, ab sofort auf alle offenen und neuen Fälle anzuwenden.
Eine neue Rechtsprechung bzw. Praxis ist grundsätzlich auf alle Steuerverfahren anzuwenden, die im Zeitpunkt der Praxisänderung noch nicht rechtskräftig abgeschlossen sind (vgl. BGE 111 V 161 E. 5b S. 170, mit Hinweisen). Da die in Frage stehende Auskunft des Steuerkommissärs lediglich vor dem Hintergrund der damals noch geltenden früheren Praxis der Eidgenössischen Steuerverwaltung allfälliges Vertrauen begründen konnte, ist dieses mit der danach durch das Bundesgerichtsurteil geänderten Rechtslage dahingefallen. Denn der Schutz des allenfalls berechtigten Vertrauens in behördliche Zusicherungen oder sonstiges, bestimmte Erwartungen begründendes Verhalten der Behörden ist an die Voraussetzung gebunden, dass sich die Rechtslage seit der Auskunftserteilung nicht geändert hat (vgl. BGE 121 II 473 E. 2c S. 479). Dies ist hier nicht der Fall. Die Beschwerdeführerin kann sich schon aus diesem Grund nicht auf den Grundsatz von Treu und Glauben berufen (vgl. BGE 119 Ib 397 E. 6e S. 409). Es kommt hinzu, dass die Tragweite des Grundsatzes von Treu und Glauben im Steuerrecht, das vom Grundsatz der Gesetzmässigkeit der Besteuerung beherrscht ist, von vornherein geringer ist als in anderen Rechtsgebieten (Urteil 2A.358/2002 vom 29. November 2002 E. 4.2).
3.8 Die Vorinstanz durfte deshalb ohne Verletzung von Bundesrecht zum Schluss kommen, die Beschwerdeführerin könne sich nicht auf den Vertrauensschutz berufen.
4.
4.1 Die Beschwerdeführerin macht zur Hauptsache geltend, dass im Zusammenhang mit dem Verkauf der Aktien der B.________ AG keine indirekte Teilliquidation stattgefunden habe.
4.2 Werden Beteiligungsrechte zu einem über dem Nennwert liegenden Verkaufspreis von einer Privatperson auf eine andere Privatperson übertragen, so bleibt die Differenz zwischen dem Nennwert und dem höheren, im Verkaufspreis zum Ausdruck kommenden inneren Wert der Beteiligung als latentes Steuersubstrat erhalten. In einem solchen Fall bleibt die Steuerlast auf den Reserven erhalten, weshalb hier für den Verkäufer ein steuerfreier Kapitalgewinn vorliegt (BGE 115 Ib 249 E. 2 f.). Dies gilt in der Regel auch dann, wenn sich der Käufer die Mittel für die Kaufpreiszahlung von der gekauften Gesellschaft ausschütten lässt (Markus Reich, Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht I/2a, N 84 zu Art. 20 DBG). Der nicht buchführungspflichtige Käufer muss in diesem Fall sämtliche Ausschüttungen versteuern, die keine Rückzahlung bestehender Kapitalanteile darstellen.
Wechseln hingegen Beteiligungsrechte vom Privat- ins Geschäftsvermögen, so wird das Nennwertprinzip durch das Buchwertprinzip abgelöst, und das latente Steuersubstrat geht im Umfang des über dem Nennwert liegenden Veräusserungserlöses unter, indem der buchführungspflichtige Käufer die erworbene Beteiligung im Umfang der Anschaffungskosten zu Lasten seines steuerbaren Reinertrages abschreiben kann. Wird in diesem Fall der Kaufpreis aus Mitteln der übertragenen Gesellschaft finanziert und werden die somit in Form eines Kaufpreisbestandteils ausgeschütteten Mittel der Gesellschaft anschliessend nicht wieder zugeführt, sind die beanspruchten Mittel im Umfang der möglichen Abschreibung - unter dem Gesichtspunkt der indirekten Teilliquidation - beim Veräusserer als Ertrag aus seiner Beteiligung zu besteuern (vgl. BGE 115 Ib 249 E. 2f.).
4.3 Nach der Rechtsprechung des Bundesgerichts müssen drei Voraussetzungen kumulativ erfüllt sein, damit bei Aktienveräusserungen an Dritte Einkommen aus indirekter Teilliquidation der Besteuerung unterliegt:
1. Die Beteiligungsrechte müssen in das Geschäftsvermögen eines Käufers überführt werden, für den das Buchwertprinzip gilt.
2. Bei der übernommenen Gesellschaft muss eine Mittelentnahme bzw. eine Substanzverminderung eintreten oder zumindest eingeleitet werden.
3. Verkäufer und Käufer müssen durch gemeinsames Zusammenwirken die Entnahme der Mittel eingeleitet haben.
Es rechtfertigt sich nur dann, eine indirekte Teilliquidation anzunehmen und den Zufluss beim Verkäufer der Aktien als Ertrag aus seiner Beteiligung zu besteuern, wenn der Verkäufer in seiner Eigenschaft als Beteiligter durch ein Zusammenwirken mit dem Käufer die Entnahme der Gesellschaftsmittel selbst einleitete und dabei wusste oder wissen musste, dass die zur Finanzierung des Kaufpreises dienenden Mittel der veräusserten Gesellschaft nicht wieder zugeführt werden. Ob die Gesellschaft bei der Veräusserung der Beteiligungsrechte durch ein Zusammenwirken von Verkäufer und Käufergesellschaft teilweise liquidiert wird und dem Verkäufer dadurch eine geldwerte Leistung ausgerichtet wird, ist nach objektiven Kriterien und aufgrund der gesamten für die Finanzierung massgebenden Umstände zu entscheiden (vgl. ASA 73 402 E. 4.3, mit Hinweisen).
4.4 Die Beschwerdeführerin anerkennt, dass sie ihre 100 Namenaktien (zu je Fr. 500.-- Nennwert) der B.________ AG als natürliche Person an die Käuferin verkauft hat und damit ihre Beteiligung aus ihrem Privatvermögen in das Geschäftsvermögen der buchführungspflichtigen Käuferin überführt wurde.
Auch ein Zusammenwirken könne darin erblickt werden, dass sie der Käuferin ein Darlehen für den Restkaufpreis gewährt und für dieses einen Rangrücktritt gegenüber dem Darlehen der D.________ Bank an die Käuferin akzeptiert habe. Es kann unter diesen Umständen insoweit auf die zutreffenden Ausführungen der Vorinstanz (angefochtenes Urteil E. 5b/aa) verwiesen werden. Ergänzend ist zu betonen, dass hier ein besonderer Fall eines aussergewöhnlich intensiven Zusammenwirkens vorliegt (vgl. dazu auch unten E. 4.11), indem die Beschwerdeführerin sich nicht nur bei den Vertragsverhandlungen durch den späteren Verwaltungsratspräsidenten der Käuferin vertreten liess, sondern sich zufolge ihres Rangrücktrittes zugunsten der Bank für das von ihr der Käuferin gewährte Darlehen von über Fr. 4 Mio. lediglich mit einem Nachpfandrecht auf den der Bank verpfändeten Aktien der B.________ AG zufrieden gab. Vereinbart war zudem im Kaufvertrag, dass der Abzahlungsplan für das Darlehen im Einverständnis der Vertragsparteien geändert werden könne (vgl. dazu Urteil 2A.331/2003 vom 11. Juni 2004 E. 4.4, publ. u.a. in: ASA 73 402).
Die Beschwerdeführerin macht hingegen geltend, entgegen der Auffassung der Vorinstanz sei mit dem Verkauf keine Entreicherung der B.________ AG erfolgt.
4.5 Das Bundesgericht hat eine Substanzminderung unter anderem angenommen, wenn sowohl sämtliche Aktien der veräusserten Gesellschaft als auch Inhaberschuldbriefe auf deren Liegenschaften zur Sicherung des Bankdarlehens, das die übernehmende Holdinggesellschaft benötigte, um den Kaufpreis zu entrichten, verpfändet bzw. hinterlegt wurden. Im konkreten Fall wurde das Darlehen zwar in der Folge zumindest teilweise amortisiert. Die Amortisationszahlungen wurden aber im Wesentlichen von der erworbenen Gesellschaft erwirtschaftet. Zudem hat das Bundesgericht klargestellt, dass auf die Verhältnisse im Zeitpunkt des Aktienkaufes bzw. der Darlehensaufnahme abzustellen sei und spätere Entwicklungen nur insoweit Berücksichtigung finden könnten, als sie zu diesem Zeitpunkt bereits bekannt oder jedenfalls absehbar waren; ob die dem Veräusserer nur in Form von steuerbaren Vermögenserträgen auszahlbaren Mittel aus der bereits erwirtschafteten und somit im Zeitpunkt der Transaktion schon vorhandenen Substanz oder aus mit der erworbenen Gesellschaft noch zu erwirtschaftenden Erträgen zufliessen, spiele keine Rolle, wenn angesichts der finanziellen Situation der Käuferin (mit äusserst schmaler Kapitalbasis, die ausschliesslich aus den Aktien der zu erwerbenden Gesellschaft bestand) diese die für den Kauf benötigten Darlehen ohne die mit der erworbenen Gesellschaft erwirtschafteten Gewinne nicht zurückzahlen könnte (vgl. Urteil 2A.474/2000 vom 22. Oktober 2001, publ. u.a. in: ASA 72 218 E. 4b; Übernahme der Gesellschaft durch die drei Geschäftsführer über die von ihnen zu diesem Zweck gegründete Holdinggesellschaft).
Diese Rechtsprechung wurde in der Folge - entgegen der Auffassung der Beschwerdeführerin, die von einer eigentlichen Praxisänderung ausgeht - lediglich weitergeführt (so auch Georg Lutz/Kersten Alexander Honold, Indirekte Teilliquidation - Ist wirklich Hopfen und Malz verloren?, FStR 2005, S. 147) und dahingehend bestätigt, dass für die Annahme einer indirekten Teilliquidation entscheidend sei, ob die Bezahlung des Kaufpreises bzw. die Rückzahlung des Darlehens aus Mitteln der übernommenen Gesellschaft überhaupt erfolge, d.h. ob dafür wirtschaftlich auf deren Substanz zurückgegriffen werde, und nicht, ob diese Substanz bereits verfügbar sei. Im konkreten Fall verfügte die übernehmende Holdinggesellschaft nicht über andere Aktiven als die Beteiligung an der übernommenen Gesellschaft. Der aus Darlehen bezahlte Teil des Übernahmepreises sollte aus den jährlichen Dividendenzahlungen der übernommenen Gesellschaft bezahlt werden. Als Gegenwert für das Darlehen standen somit ausschliesslich deren Mittel zur Verfügung (Urteil 2A.331/2003 vom 11. Juni 2004 E. 4.2 und 4.5, publ. u.a. in: ASA 73 402). Von einer Praxisänderung kann damit nicht die Rede sein (vgl. auch Urteil 2A.118/1999 vom 3. April 2000, E. 2c, wo bereits auf das nicht ausgeschöpfte Fremdfinanzierungspotential im Zeitpunkt des Aktienverkaufs abgestellt wurde). Die Vorinstanz hat daher ebenfalls zu Recht von einer Fortsetzung der Rechtsprechung durch das Bundesgericht gesprochen (vgl. auch BBl 2005 4803: "weiterentwickelt"). Bereits bei der ursprünglichen Aufrechnung aus indirekter Teilliquidation vom 19. September 2003 hat sich denn auch der Steuerkommissär lediglich auf die entsprechende damalige bundesgerichtliche Rechtsprechung (ASA 72 218) gestützt (Einspracheentscheid vom 20. Januar 2005 E. I.2).
4.6 Wohl kann die Holdinggesellschaft die erworbene Beteiligung an der B.________ AG nicht zulasten des steuerbaren Reinertrages abschreiben, wenn sie die Substanz dieser Gesellschaft nicht antastet (etwa wenn sie keinen Abschreibungsbedarf hat), sondern den Kaufpreis aus deren laufenden Gewinnen finanziert. Sie kann diese dank des Beteiligungsabzuges (Art. 69 DBG) jedoch gewinnsteuerfrei beziehen und zur Rückzahlung des Darlehens verwenden, womit die latente Ausschüttungssteuerlast im Umfang der Darlehensamortisation in gleicher Weise aufgehoben wird wie bei Finanzierung des Kaufpreises durch eine Substanzdividende. Im einen wie im anderen Fall wird der Kaufpreis - wirtschaftlich betrachtet - aus Mitteln der veräusserten Gesellschaft bezahlt, die dem Veräusserer als früherem Beteiligungsinhaber nur in Form von steuerbarem Ertrag zufliessen konnten, ohne dass sie je als Ertrag versteuert werden müssen (vgl. ASA 73 402 E. 4.5).
4.7 Dieser Entscheid ist in der Doktrin stark kritisiert worden (Michael Buchser/Martin Jau, Methodische Überlegungen zur indirekten Teilliquidation, ASA 74 125 ff.; Peter Uebelhart/Reto Arnold, Erweiterte indirekte Teilliquidationstheorie erschwert Unternehmensnachfolge, StR 2005 S. 274 ff.; Harold Grüninger, Steuerrechtliche Entwicklungen, SWZ 2005 S. 32 ff.; Daniel Holenstein, Indirekte Teilliquidation - Besteuerung der tatsächlichen Substanzentnahme, StR 2004 S. 718 ff.; Peter Gurtner/Ernst Giger, Unzulässige Erbenholdingbesteuerung - massive Ausweitung der indirekten Teilliquidationstheorie, StR 2004 S. 658 ff.; Urs. R. Behnisch, Gibt es den steuerfreien Kapitalgewinn bei einer Beteiligungsveräusserung noch?, Jusletter 20. September 2004; Marco Greter, Schweizer Treuhänder 2005 S. 64; Philipp Betschart, Grenzenlose indirekte Teilliquidation, Schweizer Treuhänder 2004 S. 873 ff.; Corinne Zellweger-Gutknecht, Chronik der bundesgerichtlichen Rechtsprechung Oktober 2003 bis Oktober 2004, in: Aktuelle Probleme des Finanz- und Börsenplatzes Schweiz, 12/2004 S. 213 ff.; Markus Reich/Robert Waldburger, Rechtsprechung im Jahr 2004, FStR 2005 S. 224 ff.; Georg Lutz/Kersten Alexander Honold, a.a.O., S. 139 ff.; Hubertus Schmid, Stolperstein der Unternehmenssteuerreform, NZZ 7./8. Januar 2006 S. 25).
Die Kritik nimmt zum Teil wieder dieselben grundsätzlichen Gesichtspunkte auf, die bereits früher im Zusammenhang mit der bundesgerichtlichen Rechtsprechung zur (steuerrechtlichen) indirekten Teilliquidation releviert worden sind. Das Bundesgericht hat dazu im Entscheid vom 11. Juni 2004 Stellung genommen (ASA 73 402 E. 4.5) und an seiner Praxis festgehalten; es kann darauf verwiesen werden.
Die Vorinstanz hat zur Kritik zu diesem Entscheid zutreffend erwogen, das mit der Generalklausel von Art. 16 Abs. 1 DBG zum Ausdruck gebrachte Konzept der Gesamtreineinkommensbesteuerung umfasse vor allem das Totalitätsprinzip. Eine gleichmässige Besteuerung nach der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit sei daher nur gewährleistet, wenn grundsätzlich alle Einkünfte erfasst würden; Ausnahmen müssten restriktiv ausgelegt werden. Diese Fundamentalprinzipien des Steuerrechts rechtfertigten es, die Ertragsbesteuerung auch auf den Anteil des Veräusserungserlöses aus Beteiligungsrechten zu erstrecken, die aus Sicht der (Kauf-)Vertragsparteien im Zeitpunkt des Vertragsschlusses Ertragserwartungen abgelte.
4.8 Die Beschwerdeführerin und insbesondere der von ihr beauftragte Gutachter machen vor allem geltend, die Annahme, wenn der Kaufpreis aus noch zu erwirtschaftenden Erträgen der verkauften Gesellschaft geleistet werde, müssten diese nie als Ertrag besteuert werden, sei falsch; soweit kein Abschreibungsbedarf gegeben sei, bewirkten die Dividendenausschüttungen der verkauften Gesellschaft trotz des Beteiligungsabzuges eine Zunahme der Reserven der Käuferin und bildeten dort ausschüttungsfähiges und entsprechend mit latenter Einkommenssteuer belastetes Substrat, was im Ergebnis zu einer verpönten Dreifachbelastung des Ertrages führe.
Dieses Argument vermag jedenfalls im vorliegenden Fall nicht zu überzeugen. Der Buchwert (ausgewiesenes Eigenkapital) der B.________ AG betrug per 31. Dezember 1997 Fr. 1'145'228.--. Die Gesellschaft erscheint indessen in der Bilanz der Käuferin zum vollen Kaufpreis von Fr. 10 Mio. Es wäre der Käuferin jedenfalls steuerrechtlich keineswegs verwehrt, die Differenz zwischen dem Buchwert und dem bei ihr bilanzierten Wert - den Goodwill - nach und nach abzuschreiben, so dass bei ihr insofern trotz der erhaltenen Dividenden kein neues ausschüttungsfähiges Substrat gebildet würde. Im Übrigen liesse sich das gleiche Argument auch anführen, wenn der Gewinn auf die Realisierung von stillen Reserven zurückzuführen ist; in diesem Fall wird aber nicht daran gezweifelt, dass er aus der Substanz stammt und deshalb eine indirekte Teilliquidation vorliegt.
4.9 In der Kritik wird teilweise vorgetragen, die bundesgerichtliche Praxis zur indirekten Teilliquidation verhindere vernünftige Unternehmensnachfolgeregelungen, indem sie es einem Unternehmer praktisch verunmögliche, seine Aktiengesellschaft den Nachkommen (oder im Rahmen eines Buyouts einem Dritten) zu übertragen, wenn diese - was der Normalfall sei - zur Finanzierung des Erwerbs auf Fremdkapital angewiesen seien.
Die Kritik ist unbegründet. Sie geht davon aus, dass das Bundesgericht jede Veräusserung einer Beteiligung, bei welcher seitens des Käufers Fremdkapital beansprucht wird, als indirekte Teilliquidation qualifiziere, sofern der Kaufpreis schliesslich aus vorhandenen oder auch aus künftig noch zu erwirtschaftenden Mitteln bestritten wird. Übersehen wird dabei, dass die kritisierte Rechtsprechung ausdrücklich nur gilt, wenn die Beteiligungsrechte aus dem Privatvermögen des Verkäufers in das Geschäftsvermögen eines Käufers überführt werden, für welchen das Buchwertprinzip gilt. Denn nur in diesem Fall lässt sich die latente Ausschüttungssteuerlast aufheben, was Anlass zur Besteuerung aus indirekter Teilliquidation bietet. Im Urteil vom 11. Juni 2004 kam eine solche Besteuerung denn auch nur allein deswegen in Frage, weil die Nachkommen des Verkäufers eine Holdinggesellschaft gegründet hatten, welche die Aktien erwarb und für welche das Buchwertprinzip galt. Hätten sie die Aktien direkt selber erworben - was ohne weiteres möglich gewesen wäre -, wäre der Tatbestand der indirekten Teilliquidation nicht erfüllt gewesen; indessen hätten die Nachkommen die Dividenden, mit welchen der Kaufpreis hätte bezahlt werden sollen, als Einkommen versteuern müssen, was sie mit der von ihnen gewählten Konstruktion eben vermeiden wollten. Der Vorwurf, die bundesgerichtliche Praxis verunmögliche sinnvolle Nachfolgeregelungen, trifft daher gerade bei Familiengesellschaften, bei denen die Aktien ohne weiteres direkt an den Nachfolger übertragen werden können, nicht zu, und es ist nicht einzusehen, weshalb Nachfolgeregelungen deshalb blockiert werden müssten.
Unzutreffend ist auch der weitere häufige Einwand, als Folge der bundesgerichtlichen Praxis könnten inskünftig nur noch kapitalkräftige Käufer ein Unternehmen erwerben bzw. müsse der Erwerb durch Eigenmittel finanziert werden. Der Erwerb der Aktien der zu übernehmenden Gesellschaft kann ebenso gut fremdfinanziert werden wie der Erwerb durch eine Holding. So hätte in dem am 11. Juni 2004 beurteilten Fall der Verkäufer den Kaufpreis gegenüber seinen Nachkommen ebenso gut stehen lassen können, wie er es gegenüber der von diesen gegründeten Holdinggesellschaft getan hat. Genauso wäre es möglich, den Kauf durch Verpfändung der Aktien der übernommenen Gesellschaft zu finanzieren. Auch wenn in diesen Fällen der Kaufpreis letztlich wirtschaftlich ebenfalls aus Mitteln der erworbenen Gesellschaft bezahlt wird, würde beim Verkäufer nach der Praxis des Bundesgerichts keine Steuer aus indirekter Teilliquidation anfallen, wohl aber eine Dividendenbesteuerung bei den Käufern, was nicht zu beanstanden ist.
Auch im vorliegenden Fall ist nicht zu sehen, inwiefern die früheren Geschäftsführer der von ihnen übernommenen Gesellschaft für diesen Erwerb zwingend eine Holdinggesellschaft hätten einschalten müssen. Es darf vermutet werden, dass dieses Vorgehen vorwiegend aus Gründen der vermeintlichen Steuerersparnis gewählt wurde.
4.10 Die Beschwerdeführerin beruft sich weiter auf den Entwurf vom 22. Juni 2005 des Bundesrates für ein Bundesgesetz über die Verbesserung der steuerlichen Rahmenbedingungen für unternehmerische Tätigkeiten und Investitionen (Unternehmenssteuerreformgesetz II; BBl 2005 4733). Mit diesem wird vorgeschlagen, in Systemwechselfällen (Transponierung, indirekte Teilliquidation) den steuerbaren Vermögensertrag auf das sogenannte "volle Portemonnaie" bzw. auf das Ersatzdividendenkonzept zu beschränken. Danach sollen bei der Veräusserung von Beteiligungsrechten nur noch die im Unternehmen zurückbehaltenen und in nicht betriebsnotwendigen Aktiven reinvestierten Gewinne als Ersatz-Dividende anteilmässig erfasst werden. Entscheidend soll dabei einzig sein, ob das veräusserte Unternehmen nicht betriebsnotwendiges, ausschüttungsfähiges Netto-Vermögen aufweist und ob der Veräusserer einen massgeblichen Einfluss (Kapitalquote von mindestens 20 %) auf die Ausschüttungspolitik der betreffenden Gesellschaft hatte (BBl 2005 4804 f.). Zu welch komplizierten Abgrenzungen dies führt, zeigt die im Entwurf vorgeschlagene neue Fassung von Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG (BBl 2005 4877), an deren Praktikabilität doch gewisse Zweifel aufkommen. Wie es sich damit verhält, kann indessen offen bleiben, da die inzwischen verabschiedete gesetzgeberische Lösung, die übrigens in verschiedener Hinsicht von diesem Vorschlag abweicht, erst am 1. Januar 2007 in Kraft treten wird. Eine Vorwirkung vermag sie schon aus diesem Grund nicht zu entfalten. Es kommt hinzu, dass der Gesetzgeber - in Kenntnis der bundesgerichtlichen Rechtsprechung - die Rückwirkung der neuen Bestimmung auf die noch nicht rechtskräftigen Veranlagungen der in den Steuerjahren ab 2001 erzielten Erträge beschränkt hat (Art. 205 b DBG). Er hat damit bewusst in Kauf genommen, dass nicht rechtskräftige Veranlagungen für frühere Steuerjahre noch nach der bisherigen Praxis entschieden werden.
4.11 Die Käuferin hat den Kaufpreis der von ihr erworbenen Aktien der B.________ AG im Betrag von Fr. 10 Mio. mit einem Darlehen der Bank über Fr. 5 Mio. und einem zinslosen Darlehen über Fr. 4 Mio. der Beschwerdeführerin als Verkäuferin sowie mit eigenen Mitteln von Fr. 1 Mio. finanziert. Als Sicherheit für diese Darlehen verpfändete die Käuferin der Bank sämtliche Aktien der B.________ AG; der Verkäuferin wurde zufolge eines vereinbarten Rangrücktrittes gegenüber der Bank lediglich ein Nachpfandrecht eingeräumt.
Im Zeitpunkt des Aktienkaufes verfügte die damals noch in Gründung befindliche Käuferin (Eintragung am 27. August 1998) über eigene Mittel von Fr. 1 Mio. (Fr. 100'000.-- Eigenkapital und Fr. 900'000.-- Agioreserven; ihre Aktiven bestanden auch noch per 31. März 1999 (d.h. am Ende des ersten Geschäftsjahres) fast ausschliesslich (d.h. zu rund 87 %) aus den Aktien der B.________ AG (im Geschäftsjahr 1999/2000 sogar zu über 98 %). Die Käuferin hätte daher den Aktienkauf nicht aus eigener Kraft finanzieren können. Allein der Erwerb der Aktien ermöglichte es ihr, die für die Bezahlung des Kaufpreises erforderlichen Mittel erhältlich zu machen; sie konnte damit ausschliesslich auf Werte der übernommenen Gesellschaft zählen. Deshalb hätte sie die Darlehensrückzahlung - aus damaliger Sicht - nur aus zukünftigen Erträgen der erworbenen Gesellschaft bestreiten können. Dass der Käuferin andere Mittel für die jährlichen Rückzahlungen zur Verfügung stünden, wurde nach den Feststellungen der Vorinstanz nicht behauptet. Nach eigener Darstellung der Beschwerdeführerin hat die B.________ AG im Geschäftsjahr 1997 zudem keine Dividenden ausgeschüttet. Da im Zeitpunkt des Aktienverkaufs damit die Amortisation der Kredite noch unsicher war, war die Fremdfinanzierung des Erwerbs der fraglichen Aktien nur möglich, indem dafür - in wirtschaftlicher Betrachtungsweise - die Substanz der erworbenen Gesellschaft in Anspruch genommen wurde.
Soweit die Käuferin daher den Kaufpreis für die Aktien der B.________ AG mittels der beiden Darlehen von insgesamt Fr. 9 Mio. beglichen hat, ist der von der Beschwerdeführerin aus dem Aktienverkauf erzielte Verkaufserlös als Ertrag aus indirekter Teilliquidation zu betrachten und nach Art. 20 Abs. 1 lit. c DBG zu besteuern.
5.
5.1 Die Vorinstanz hat - wie dies im Urteil des Bundesgerichts vom 11. Juni 2004 angeregt wurde - erwogen, dass die sofortige Besteuerung eines sehr bedeutenden Vermögensertrages, der in Raten und über eine längere Zeitspanne anfalle, den Veräusserer in Finanzierungsschwierigkeiten bringen und sinnvolle Unternehmensnachfolgeregelungen letztlich erschweren könne; der Vermögensertrag sei daher in ausnahmsweiser Anwendung einer wirtschaftlichen Betrachtungsweise im Sinne einer "offenen Agio-Lösung" nach Massgabe des tatsächlichen Mittelzuflusses an den Veräusserer zu besteuern. Danach realisiert der Veräusserer bei einem Verkauf gegen Darlehensgewährung den Ertrag aus indirekter Teilliquidation erst dann, wenn er auch tatsächlich über den Kaufpreis verfügt. Da der Beschwerdeführerin in der Steuerperiode 1997/98 wirtschaftlich betrachtet lediglich der im Kalenderjahr bezahlte Betrag von Fr. 6 Mio. zugerechnet werden könne, sei nur diese Teilzahlung, abzüglich der anteiligen, käuferseits aufgewendeten Eigenmittel von Fr. 745'341.60 (Fr. 6 Mio. : Fr. 8,05 Mio. [reduzierter Kaufpreis] x Fr. 1 Mio.) somit also Fr. 5'254'658.40 als realisierter Ertrag aus indirekter Teilliquidation zu erfassen.
5.2 Die Eidgenössische Steuerverwaltung weist darauf hin, dass gemäss ihrem Entwurf zum Kreisschreiben Nr. 7 vom 14. Februar 2005 dem Veräusserer beim Verkauf gegen ein Darlehen des Verkäufers ausnahmsweise in wirtschaftlicher Betrachtungsweise die Möglichkeit eingeräumt werde, den Vermögensertrag aus indirekter Teilliquidation nach Massgabe des tatsächlichen Mittelzuflusses zu versteuern, obwohl der fragliche Ertrag bereits im Zeitpunkt des Verkaufes realisiert worden sei. Diese Lösung sei indessen vom Veräusserer zu beantragen und durch einen Revers abzusichern. Der Antrag des Steuerpflichtigen habe zudem unmittelbar nach Kenntnis der Qualifikation des Veräusserungserlöses als steuerbarer Vermögensertrag aus indirekter Teilliquidation zu erfolgen. Mit dieser Regelung werde den Ausführungen des Bundesgerichtsurteils vom 11. Juni 2004 Rechnung getragen. Da die Beschwerdeführerin es indessen unterlassen habe, unmittelbar nach der Publikation des Entwurfes des Kreisschreibens einen Antrag zu stellen und ihre Bereitschaft zum Abschluss eines Revers zu erklären, könne ihr im aktuellen Stand des Verfahrens kein Steueraufschub mehr gewährt werden. Es sei daher der gesamte Betrag von Fr. 9 Mio. im Zeitpunkt der Realisierung zu besteuern.
Auch das Kantonale Steueramt Zürich lehnt eine Reverslösung ab, da sie nicht vor dem Zeitpunkt der Aktienveräusserung verlangt worden sei.
5.3 Die Beschwerdeführerin hat mit Revers vom 12. Mai 2005 für den Fall, dass das von ihr gewählte Vorgehen als indirekte Teilliquidation qualifiziert werden sollte, die sich auf Grund der ihr tatsächlich zugeflossenen Zahlungen - insgesamt Fr. 8,05 Mio. - ergebenden Bundessteuerbeträge anerkannt.
Es erscheint zumindest fraglich, ob die sechs Jahre nach der in Frage stehenden Beteiligungsveräusserung vereinbarte Minderung des Verkaufspreises überhaupt noch steuerlich berücksichtigt werden darf. Das Kantonale Steueramt hat in seiner bei der Vorinstanz eingereichten Beschwerdeantwort vom 15. März 2005 erklärt, es sei mit einer entsprechenden Reduktion des ursprünglichen Verkaufspreises und damit mit der Reduktion der steuerbaren ausserordentlichen Einkünfte einverstanden, wenn die Beschwerdeführerin die Kaufpreisreduktion substantiiert nachweisen könne. Indem die Eidgenössische Steuerverwaltung gemäss ihrem Entwurf zum Kreisschreiben in Fällen wie dem vorliegenden eine wirtschaftliche Betrachtungsweise zulässt, erscheint auch eine nachträgliche Herabsetzung des Kaufpreises nicht von vornherein ausgeschlossen, da in diesem Fall dem Verkäufer nur die entsprechend herabgesetzten Mittel tatsächlich zufliessen. Die spätere Reduktion des Verkaufspreises beschlägt indessen nicht den hier allein in Frage stehenden ursprünglichen Verkauf der B.________ AG im Jahr 1998, weshalb die Frage offen bleiben kann. Es ist jedenfalls nicht zu sehen, inwiefern die von der Vorinstanz für die in Frage stehende Steuerperiode 1997/98 bzw. das Steuerjahr 1998 getroffene Lösung - auch wenn diese die mit dem Kreisschreiben normierten Voraussetzungen für eine Reverslösung nicht gänzlich erfüllt - Bundesrecht verletzen soll. Dem blossen Entwurf zu einem Kreisschreiben kann insofern keine verbindliche Rechtswirkung beigemessen werden. Zudem geht die geschuldete Steuer mit dem Aufschub nicht verloren, sondern wird einzig auf eine spätere Periode verschoben.
6.
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde ist aus diesen Gründen abzuweisen. Bei diesem Ausgang des Verfahrens hat die Beschwerdeführerin die Kosten des Verfahrens vor Bundesgericht zu tragen (Art. 156 Abs. 1 OG).
 
Demnach erkennt das Bundesgericht:
1.
Die Verwaltungsgerichtsbeschwerde wird abgewiesen.
2.
Die Gerichtsgebühr von Fr. 15'000.-- wird der Beschwerdeführerin auferlegt.
3.
Dieses Urteil wird der Beschwerdeführerin, dem Kantonalen Steueramt Zürich und der Steuerrekurskommission II des Kantons Zürich sowie der Eidgenössischen Steuerverwaltung schriftlich mitgeteilt.
Lausanne, 10. November 2006
Im Namen der II. öffentlichrechtlichen Abteilung
des Schweizerischen Bundesgerichts
Der Präsident: Der Gerichtsschreiber: