9C_433/2024 16.12.2024

Bundesgericht

Tribunal fédéral

Tribunale federale

Tribunal federal

9C_433/2024

Arrêt du 16 décembre 2024

IIIe Cour de droit public

Composition

MM. et Mmes les Juges fédéraux Parrino, Président, Stadelmann, Moser-Szeless, Beusch et Scherrer Reber.

Greffier : M. Bürgisser.

Participants à la procédure

A.________ SA,

représentée par Mes Pierre-Marie Glauser et Anne Tissot Benedetto, avocats,

recourant,

contre

Administration fédérale des contributions, Division principale de la taxe sur la valeur ajoutée, Schwarztorstrasse 50, 3003 Berne,

intimée.

Objet

Taxe sur la valeur ajoutée, périodes fiscales 2014-2017,

recours contre l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, Cour I, du 11 juin 2024 (A-4980/2022).

Faits :

A.a. A.________ SA (ci-après : le groupe ou l'assujetti) est immatriculé au registre de l'Administration fédérale des contributions (ci-après: l'AFC) en qualité d'assujetti au sens de la loi fédérale du 12 juin 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (LTVA; RS 641.20), depuis le 1er juillet 2012. Le groupe se compose de B.________ SA, de C.________ SA et de D.________ SA. Ayant son siège à U.________, B.________ SA a pour but statutaire la prise et la gestion de participations dans toute entreprise commerciale industrielle,... et... en rapport avec la navigation sur le lac E.________, notamment dans les sociétés C.________ SA et D.________ SA. D.________ SA, dont le siège est à V.________, a notamment pour buts d'exploiter une flotte de bateaux....

A.b. L'AFC a effectué un contrôle du groupe portant sur la période courant du 1er janvier 2014 au 31 décembre 2017. À cette occasion, elle a notamment procédé à des reprises de TVA concernant les recettes rétrocédées à l'assujetti par l'Office central de compensation (ci-après: OCC) des Chemins de fer fédéraux (ci-après: CFF), alors décomptées par l'assujetti en tant que chiffre d'affaires réalisé à l'étranger. L'AFC a également opéré une réduction de la déduction de l'impôt préalable en raison de contributions financières versées par le Département étranger de W.________, ainsi que par les communes étrangères de X.________ et de Y.________ au groupe. L'assujetti a contesté les reprises ainsi que la déduction de l'impôt préalable.

En date du 4 juin 2017, l'AFC a adressé à l'assujetti une notification d'estimation n° xxx, en arrêtant la créance fiscale à xxx fr. et le montant de l'impôt en sa faveur à xxx fr. pour les périodes fiscales 2014 à 2017. À la suite de courriers du groupe contestant le traitement TVA lié aux recettes versées par l'OCC et à la déduction de l'impôt préalable consécutive au versement de contributions financières par les collectivités publiques étrangères, l'AFC a confirmé la créance fiscale arrêtée par sa notification d'estimation du 4 juin 2019, dit que l'assujetti s'était (entre-temps) acquitté de xxx fr. pour les périodes fiscales en cause et qu'il devait encore verser un intérêt moratoire dès le 17 juillet 2016 (décision du 17 mai 2021).

A.c. Statuant sur réclamation le 29 septembre 2022, l'AFC a fixé la créance fiscale à xxx fr. et la correction de l'impôt en sa faveur à xxx fr. pour les périodes fiscales 2014 à 2017, plus intérêt moratoire à compter du 17 juin 2016.

Par arrêt du 11 juin 2024, le Tribunal administratif fédéral a rejeté le recours formé par l'assujetti.

Agissant par la voie du recours en matière de droit public, le groupe conclut en substance à la réforme de l'arrêt du Tribunal administratif fédéral, en ce sens que la créance fiscale relative aux périodes 2014 à 2017 est réduite de xxx fr. au moins en sa faveur et qu'aucun intérêt moratoire n'est dû (cf. ses conclusions réformatoires en lien avec l'annulation des ch. 1 et 5 de l'Annexe de la notification d'estimation n° xxx du 4 juin 2019). Il conclut également au remboursement de cette somme, ainsi que de xxx fr. déjà acquitté avec réserve.

L'Administration fédérale des contributions conclut au rejet du recours.

Considérant en droit :

L'arrêt attaqué est une décision finale (art. 90 LTF) émanant du Tribunal administratif fédéral (art. 86 al. 1 let. a LTF) dans une cause de droit public (art. 82 let. a LTF) ne tombant pas sous le coup des exceptions de l'art. 83 LTF. La voie du recours en matière de droit public est donc en principe ouverte. Déposé en temps utile (art. 100 al. 1 LTF) et dans les formes prescrites (art. 42 LTF) par le destinataire de l'acte attaqué qui a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification, de sorte qu'il faut lui reconnaître la qualité pour recourir (art. 89 al. 1 LTF), le recours en matière de droit public est recevable.

Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), sous réserve des cas prévus à l'art. 105 al. 2 LTF (ATF 142 I 155 consid. 4.4.3). Le recourant ne peut critiquer les constatations de fait ressortant de la décision attaquée que si celles-ci ont été effectuées en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF ou de manière manifestement inexacte, c'est-à-dire arbitraire, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (art. 97 al. 1 LTF; ATF 142 II 355 consid. 6). Le Tribunal fédéral n'entre pas en matière sur des critiques de type appellatoire portant sur l'état de fait ou sur l'appréciation des preuves (ATF 141 IV 369 consid. 6.3).

Le litige porte sur le montant que l'AFC réclame au recourant au titre de la TVA à la suite d'une correction d'impôt portant sur les années fiscales 2014 à 2017. Sont seules litigieuses la facturation de la TVA suisse sur des prestations de service vendues en Suisse mais pouvant être fournies en Suisse et à l'étranger (consid. 4 à 6 infra), ainsi que la réduction de l'impôt préalable en lien avec le versement au recourant de fonds par des collectivités publiques étrangères (consid. 7 infra).

4.1. En ce qui concerne le premier point litigieux, le recourant argumentait en première instance ne pas devoir s'acquitter de la TVA sur la part des recettes rétrocédées par l'OCC des CFF correspondant à la part des trajets lacustres effectués hors de Suisse (soit sur les eaux territoriales étrangères). À cet égard, le Tribunal administratif fédéral a d'abord constaté que des titres de transport forfaitaires permettant d'être transportés par D.________ SA avaient été vendus, TVA suisse incluse (au taux normal), respectivement par D.________ SA, les CFF ou d'autres entités. Il s'agissait par exemple d'abonnements généraux, d'abonnements demi-tarif et de cartes journalières. En d'autres termes, la TVA suisse avait été facturée lors de la vente de chaque titre de transport forfaitaire et avait été prélevée à chaque transaction par D.________ SA ou par une autre entité affiliée à Alliance SwissPass (soit un système centralisé de décompte des voyageurs). Examinant la qualification des liens entre la pluralité des intervenants du point de vue de la TVA (vente des titres de transport par une pluralité d'entreprises), les j uges précédents se sont référés au ch. 3.1.1.1 du tarif T601 établi par l'Alliance Swisspass (disponible sous https://www.allianceswisspass.ch/fr/tarifs/TarifsPrescription; dernière consultation le 29 octobre 2024). Ils ont considéré que cette disposition du tarif T601 prévoyait un rapport de représentation direct entre D.________ SA (la représentée) et les autres entités (les représentantes) soumises au tarif T601, pour le cas où les secondes émettaient des titres de transport permettant de se déplacer avec D.________ SA lorsque celle-ci participait à l'itinéraire de transport du voyageur. De plus, ce rapport de représentation était communiqué aux tiers lors de la facturation: par exemple, sur la facture d'un abonnement demi-tarif se trouvait le pictogramme de SwissPass, l'adresse internet "swisspass.ch/contact", ainsi qu'une inscription présentant les moyens d'éviter d'oublier de payer une facture qui se terminait par "toutes les informations sont disponibles sur swisspass.ch/paiement". Selon les juges précédents, tout tiers neutre acquéreur d'un titre de transport forfaitaire devait objectivement et raisonnablement savoir que les CFF, qui avaient pour but le transport par voie ferroviaire et non pas lacustre, représentaient D.________ SA lors de la vente des titres de transport permettant de se déplacer sur le lac E.________. Le Tribunal administratif fédéral a conclu en conséquence qu'il existait un rapport de représentation directe (au sens de l'art. 20 al. 2 LTVA) liant les entreprises membres de l'Alliance SwissPass. En conséquence, les entités de l'Alliance SwissPass agissaient au nom et pour le compte de D.________ SA à chaque fois qu'elles vendaient des titres de transport donnant droit aux titulaires de ceux-ci de naviguer sur le lac E.________, en Suisse comme à l'étranger. L'existence d'une représentation directe avait en outre des conséquences sur le lieu de fourniture des prestations (consid. 4.5 infra).

4.2. Le recourant reproche à l'instance précédente une violation de l'art. 20 LTVA en tant qu'elle a retenu un rapport de représentation directe entre la D.________ SA et les CFF ou toute autre entreprise affiliée au système de l'Alliance SwissPass vendant les titres forfaitaires en cause. Sous l'angle de l'exigence prévue par l'art. 20 al. 2 let. a LTVA quant à la "visibilité du rapport de représentation" pour le destinataire de la prestation, il fait valoir que ce seraient les CFF, en tant qu'entreprise ferroviaire de premier plan au bénéfice d'une concession de transport ferroviaire grandes lignes, qui offriraient des prestations de transport auxquelles les abonnements forfaitaires permettraient d'accéder; le fait que les pictogrammes SwissPass apparaîtraient sur les factures en question ne sauraient "dénaturer le fait" que les factures seraient émises par les CFF, respectivement au nom et pour le compte des CFF. À cet égard, les abonnements généraux et les abonnements demi-tarif ne s'achèteraient qu'auprès de ceux-ci. Le recourant en infère que les CFF seraient le fournisseur des prestations en cause aux yeux des passagers, de sorte qu'il n'y aurait en l'espèce aucun rapport de représentation directe entre les entités affiliées à l'Alliance SwissPass. Pour le recourant, il résulterait en outre des circonstances que les acquéreurs seraient amenés à penser qu'ils seraient uniquement liés contractuellement aux CFF en tant qu'entité fournissant des prestations de transport sur l'ensemble du territoire national et que les CFF sous-traiteraient les prestations de transport sur le lac en cas d'utilisation des abonnements. Alternativement, les tiers pourraient déduire des circonstances qu'il existerait un "autre type de relation contractuelle" impliquant une relation de représentation indirecte.

5.1. Selon l'art. 20 al. 1 LTVA, une prestation est réputée fournie par la personne qui apparaît vis-à-vis des tiers comme le fournisseur de la prestation. L'art. 20 al. 2 LTVA prévoit que lorsqu'une personne agit au nom et pour le compte d'une autre, la prestation est réputée fournie par la personne représentée si celle qui la représente remplit les conditions suivantes: elle peut prouver qu'elle agit en qualité de représentant et peut clairement communiquer l'identité de la personne qu'elle représente (let. a); elle porte expressément le rapport de représentation à la connaissance du destinataire de la prestation ou ce rapport résulte des circonstances (let. b). Selon l'art. 20 al. 3 LTVA, lorsque l'al. 1 s'applique à une relation tripartite, il y a prestation aussi bien entre la personne qui apparaît comme fournisseur et celle qui fournit effectivement la prestation qu'entre la personne qui apparaît comme fournisseur et le destinataire de la prestation.

L'art. 20 LTVA est notamment applicable lorsque plusieurs sujets de droit entrent en ligne de compte en tant que fournisseurs d'une prestation. En pareil cas, il permet de déterminer à qui la prestation doit être imputée en matière de TVA. En revanche, lorsque l'on a affaire à un seul fournisseur de prestation qui agit en son propre nom et pour son propre compte dans une relation bipartite, la question de l'imputation de la prestation n'apparaît pas spécialement problématique (arrêts 9C_67/2024 du 8 août 2024 consid. 5.1.2 et les références; 2C_727/2021 du 11 mai 2022 consid. 4.1).

5.2. L'art. 20 al. 1 TVA fixe le principe suivant: si le prestataire de service se présente au bénéficiaire du service sous son propre nom ("Eigengeschäft"), la prestation lui est imputée. Il en va de même si celui-ci agit pour le compte d'un tiers dans le cadre d'une représentation indirecte ("indirekte Stellvertretung"). Une attribution selon l'art. 20 al. 1 LTVA présuppose que la personne se présente vers l'extérieur "en tant que fournisseur de prestations". Selon la pratique et la doctrine, cette présentation doit être autonome ou se faire en son propre nom. Les prestations ne doivent pas être attribuées à des personnes qui n'apparaissent pas elles-mêmes comme des fournisseurs de prestations, mais qui se contentent d'aider une autre personne à fournir la prestation. Font typiquement partie des aides et des personnes auxiliaires les employés du fournisseur de prestations, c'est-à-dire les personnes qui dépendent de lui du point de vue de la gestion d'entreprise ou de l'organisation du travail, qui perçoivent un salaire et qui n'assument pas elles-mêmes de risque entrepreneurial proprement dit. La question de savoir si une personne doit être considérée comme un fournisseur de prestations (à part entière) ou simplement comme un auxiliaire d'exécution doit être évaluée en fonction de l'ensemble des circonstances (arrêts 9C_67/2024 du 8 août 2024 consid. 5.1.3 et les références; 2C_727/2021 précité consid. 4.5).

5.3. L'art. 20 al. 2 LTVA introduit une exception au principe de l'affectation à "l'opérateur apparent" pour les situations de représentation directe ("direkte Vertretung"). L'application de cette disposition présuppose que le représentant signifie clairement au bénéficiaire de la prestation qu'il agit au nom et pour le compte d'une tierce personne et qu'il ne supporte pas les coûts et les bénéfices relatifs à l'affaire, mais qu'il établit à cet effet un décompte à l'attention du tiers en question. En d'autres termes, lorsque les conditions cumulatives de l'art. 20 al. 2 LTVA sont remplies, l'opération est attribuée au sens de la TVA à la personne représentée (art. 20 al. 2 LTVA). Selon la jurisprudence, le concept de représentation de l'art. 20 al. 2 LTVA s'inspire de la réglementation de l'art. 32 CO, même s'il ne s'agit pas d'une représentation au sens du droit civil, mais bien d'une attribution de prestations au sens de la LTVA (cf. ATF 145 II 270 consid. 4.4.3 et les références). Il convient d'examiner selon des critères objectifs s'il existe des circonstances permettant de conclure à l'existence d'un rapport de représentation au sens de l'art. 20 al. 2 LTVA. En revanche, la perception subjective du bénéficiaire concret de la prestation n'entre pas en ligne de compte. Le représentant doit par conséquent démontrer qu'il a pris des mesures qui permettent à un tiers de reconnaître, d'un point de vue objectif, qu'il ne s'engage pas lui-même, mais la personne représentée qui fournit effectivement la prestation (cf. ATF 145 II 270 consid. 4.4.4; arrêt 9C_67/2024 du 8 août 2024 consid. 5.1.4 et les références). En d'autres termes, il doit être reconnaissable pour le tiers qu'il ne conclut pas un contrat avec le représentant, mais bien avec la personne représentée. À titre d'exemple, la doctrine mentionne comme cas d'application de l'art. 20 al. 2 LTVA la vente de billets de train et d'avion par le truchement d'une agence de voyage, ainsi que la vente de billets de loterie et de cartes pré-payées de téléphones portables par un kiosque (FELIX GEIGER in MWSTG-Kommentar, 2e éd. 2019, n° 17 ad art. 20 LTVA; arrêt 9C_67/2024 du 8 août 2024 consid. 5.1.4 et les références).

5.4.

5.4.1. En premier lieu, le recourant allègue qu'il existerait en l'occurrence un cas de représentation indirecte au sens de l'art. 20 al. 1 LTVA (entre les CFF et les compagnies affiliées au système SwissPass), au motif que des tiers seraient amenés à penser que les CFF fourniraient des prestations sur l'ensemble du territoire suisse en tant qu'entité d'importance nationale. Pour le recourant, les détenteurs des titres forfaitaires acquis auprès des CFF n'auraient pas connaissance que le transport sur le lac E.________ n'est pas le fait des CFF, mais celui de D.________ SA en tant qu'entité distincte des CFF ou alors, ils penseraient que la première sous-traite les prestations de transport en cas d'utilisation d'un abonnement général.

Cette opinion ne saurait être suivie. En effet, ainsi que l'a retenu de manière convaincante le Tribunal administratif fédéral - et pour autant que cela soit pertinent -, un tiers neutre doit raisonnablement et objectivement considérer que les CFF effectuent des transports par voie ferroviaire et non pas par voie lacustre. Vu la différence entre les types de transport, un tiers ne peut pas attendre de la part d'une entreprise de transport par rail qu'elle fournisse des prestations de transport sur les voies fluviales ou lacustres, et ce même si le but des CFF inscrit au registre du commerce - auquel le recourant se réfère - mentionne l'exécution de prestations de transport public ("Diensleistungen im Öffentlichen Verkehr").

5.4.2. S'agissant de l'existence d'un rapport de représentation directe au sens de l'art. 20 al. 2 LTVA, quoi qu'en dise le recourant, le Tribunal administratif fédéral a, de manière convaincante tenu pour topique, en tant qu'élément objectif de l'analyse, le tarif T601 établi par l'Alliance SwissPass, et en particulier son chiffre 3.1.1.1. Selon ses constatations, ce ch. est libellé comme suit: "en service direct, l'entreprise de transport qui exécute le contrat de transport agit formellement aussi au nom des autres entreprises participant à l'itinéraire de transport (art. 11, alinéa 1 de la loi fédérale régissant la taxe sur la valeur ajoutée) ". À cet égard, le recourant critique en vain l'applicabilité de cette disposition contractuelle pour les périodes fiscales litigieuses, lorsqu'il se limite à argumenter que le tarif auquel l'instance précédente se réfère serait postérieur aux années 2014 à 2017 (en l'occurrence l'édition du 1er juin 2022). En effet, celle-ci a considéré, sans que cela ne soit critiquable, que le ch. 3.1.1.1 de l'édition 2022 du tarif portant sur la représentation lors de l'émission de titres de transport faisait mention de l'art. 11 al. 1 aLTVA, qui traitait déjà de la représentation directe sous l'ancien droit de la TVA en vigueur jusqu'au 31 décembre 2009 (RO 2000 1300); sa déduction selon laquelle le ch. 3.1.1.1 du tarif T601 n'avait pas été modifié lors de l'entrée en vigueur de la nouvelle LTVA en 2010 apparaît logique, de même que la conclusion selon laquelle la version actuelle correspondait à celle existant déjà avant les périodes fiscales litigieuses. Les juges précédents pouvaient ainsi en conclure que le ch. 3.1.1.1 s'appliquait en l'espèce. À la suite de l'instance précédente et sur la base du libellé du ch. 3.1.1.1 du Tarif T601, il existe un rapport de représentation directe (au sens de l'art. 20 al. 2 let. a LTVA) entre D.________ SA (la représentée) et les autres entités (les représentantes) qui sont soumises à ce tarif, dans le cas où celles-ci émettent des titres de transport permettant de se déplacer avec D.________ SA lorsque cette dernière participe à l'itinéraire de transport d'un voyageur.

5.4.3. En ce qui concerne les conditions de l'art. 20 al. 2 let. b LTVA, selon lequel le rapport de représentation (porté à la connaissance du destinataire de la représentation) peut aussi résulter des circonstances, il est établi selon les constatations des juges précédents que les titres de transport forfaitaires (abonnements généraux, abonnements demi-tarif et cartes journalières) permettant aux usagers d'être transportés par D.________ SA ont été vendus (TVA suisse incluse au taux normal) respectivement par D.________ SA, les CFF ou d'autres entités. Ces constatations lient le Tribunal fédéral, le recourant ne démontrant pas qu'elles sont manifestement inexactes en se contentant d'affirmer que dans les yeux du public de manière générale, l'achat de titre forfaitaires s'effectue auprès des CFF exclusivement. Ainsi, dans la mesure où la D.________ SA vend des titres de transport forfaitaires en facturant aux usagers la TVA au taux de 8,1 % (alors même qu'une partie de son chiffre d'affaires en relation avec son activité déployée sur le territoire étranger devrait en principe être exonéré de l'impôt), elle signale aux acquéreurs de titres de transport forfaitaires qu'elle intervient en tant que représentante directe des autres transporteurs affiliés à l'Alliance SwissPass et au même système de décompte centralisé.

De plus, il résulte du raisonnement convaincant de l'instance précédente que le rapport de représentation entre les entités impliquées a été communiqué aux destinataires de la prestation par un autre biais encore: sur les factures d'abonnement demi-tarif figuraient par exemple le pictogramme de SwissPass et à côté de celui-ci les inscriptions "la clé pour votre mobilité et vos loisirs", de même que des possibilités de gestion du paiement de la facture (moyen "eBill" ou envoi de la facture par courriel). On constate également que sur une facture relative à un abonnement (produite par le recourant en instance précédente), l'adresse internet de contact pour contacter les CFF est la suivante: "swisspass.ch/contact". Ces éléments mettent en évidence que d'autres entités, soit les partenaires des CFF, interviennent dans le cadre de l'Alliance SwissPass pour assurer le transport des voyageurs achetant un abonnement auprès des CFF ou assurer d'autres services. Le titulaire de cet abonnement peut et doit en déduire qu'en acquittant la facture de son abonnement, il verse aux CFF la contre-prestation de services assurés, le cas échéant, par une autre entreprise de transport que les CFF, qui agissent dans ce contexte pour le compte et au nom de celle-ci. Au demeurant, les conditions pour l'acquisition et l'utilisation d'un abonnement général ou demi-tarif renvoie, pour le SwissPass, au Tarif général des voyageurs (consid. 4.4.2 supra).

Il n'y a donc rien à redire sur le fait que les juges précédents ont conclu des éléments qui précèdent que toute entreprise de transport (autre que D.________ SA) comprise dans l'Alliance SwissPass et vendant un titre de transport permettant au titulaire de celui-ci de se déplacer au moyen des services de D.________ SA, communique clairement, par la facture et les documents auxquels cette dernière fait référence, qu'elle agit au nom et pour le compte de tous les autres transporteurs affiliés au même système de décompte centralisé, dont D.________ SA et que celle-ci est donc représentée. Les conditions de l'art. 20 al. 2 let. b LTVA sont donc remplies. En définitive, c'est à bon droit que les premiers juges ont admis l'existence d'une représentation directe au sens de l'art. 20 al. 2 LTVA.

6.1. Dans la mesure où il était établi qu'il existait un rapport de représentation directe, le Tribunal administratif fédéral s'est ensuite référé à l'art. 18 LTVA, selon lequel ne sont soumises à la TVA que les prestations fournies sur le territoire suisse par des entreprises assujetties moyennant une contre-prestation, à moins que la loi ne l'exclue. Il a considéré que cette disposition voudrait que 30 % des recettes générées par la vente de titres de transport par les CFF, pourcentage qui représentait la proportion des trajets effectués par D.________ SA sur le territoire étranger, ne devrait pas être soumis à la TVA suisse car il s'agissait de prestations fournies hors du territoire national. Le recourant ne conteste à juste titre pas cette conclusion intermédiaire de l'instance précédente. En effet, en cas de représentation directe, l'opération de base entre D.________ SA et un voyageur est réputée avoir lieu comme si les intermédiaires (soit les membres de l'Alliance SwissPass) n'avaient pas existé; peu importe dans ce contexte que la totalité du produit de la contre-prestation soit payée directement par le destinataire ou qu'elle transite par les intermédiaires (cf. PIERRE-MARIE GLAUSER in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, MWSTG/LTVA, 2015, n° 40 ad art. 20 LTVA; IVO BAUMGARTNER/DIEGO CLAVADETSCHER/MARTIN KOCHER, Vom alten zum neuen Mehrwertsteuergesetz, 2010, § 4 n° 48 p. 136).

6.2. Ce nonobstant, le Tribunal administratif fédéral a considéré en substance que dès lors que la TVA avait été facturée et perçue par les CFF - au nom et pour le compte de D.________ SA - il ne pouvait être dérogé au principe exprimé à l'art. 27 al. 2 LTVA (soit celui de "TVA facturée égale à la TVA due"; cf. consid. 6.3.2 infra) que pour autant que l'une des conditions (let. a ou let. b) de cette disposition fût remplie. Or aucune de celles-ci ne l'était en l'occurrence, de sorte que la TVA était due par le recourant sur la totalité des recettes rétrocédées à D.________ SA par l'OCC des CFF pour les années 2014 à 2017.

Le recourant conteste ce raisonnement, en argumentant notamment qu'il ne saurait être lié par la facturation établie par les CFF et que l'art. 27 al. 2 LTVA ne lui serait pas applicable. En effet, cette disposition ne pourrait s'appliquer qu'à l'émetteur de la facture et donc aux CFF, mais en aucun cas à lui-même pour les ventes de titres forfaitaires litigieuses.

6.3.

6.3.1. À titre liminaire, on rappellera que l'art. 27 al. 2 let. b LTVA a été révisé par le ch. I de la modification du 30 septembre 2016 de la LTVA, avec effet au 1er janvier 2018 (RO 2017 3575 4857; FF 2015 2467). Puisque le présent litige porte sur les périodes fiscales 2014 à 2017, ce sont donc les dispositions de la LTVA dans leur teneur jusqu'au 31 décembre 2017 qui sont applicables en l'espèce, singulièrement l'art. 27 al. 2 LTVA dans sa teneur en vigueur jusqu'à cette date.

6.3.2. Aux termes de l'art. 27 al. 2 LTVA, celui qui fait figurer l'impôt dans une facture sans en avoir le droit ou mentionne un taux ou un montant d'impôt trop élevé est redevable de cet impôt, sauf s'il remplit une des conditions suivantes: il corrige sa facture conformément à l'al. 4 (let. a), ou il prouve que la Confédération n'a subi aucun préjudice financier, ce qui est le cas notamment lorsque le destinataire de la facture n'a pas déduit l'impôt préalable ou que l'impôt préalable déduit a été remboursé (let. b).

La loi prévoit donc la règle selon laquelle l'impôt facturé est égal à l'impôt dû, sauf si une des conditions de l'art. 27 al. 2 TVA est remplie (ATF 144 II 412 consid. 3.2.2). En ce sens, l'art. 27 al. 2 LTVA instaure une sorte d'"impôt complémentaire" ("ergänzendes Steuerobjekt") en lien avec une mention indue (ou inexacte de l'impôt), qui s'ajoute à celle qui constitue le véritable objet de l'impôt (ou l'objet principal de l'impôt; "Hauptsteuerobjekt") et dont le fondement réside dans un échange de prestations au sens des art. 1 al. 2 let. a et 18 LTVA (ATF 144 II 412 consid. 2.1 et 3.2.4).

Par ailleurs, la jurisprudence considère que la personne à laquelle s'applique l'art. 27 LTVA est celle qui fait figurer l'impôt sur une facture et que la personne autorisée à établir une facture est celle qui fournit la prestation (ATF 144 II 412 consid. 3.2.).

6.4. Compte tenu du rapport de représentation directe liant les entreprises membres de l'Alliance SwissPass ainsi que du système particulier de rétrocession par l'OCC des CFF, c'est de manière conforme au droit fédéral que l'instance précédente a considéré que l'art. 27 al. 2 LTVA était applicable au recourant et que les reprises litigieuses de l'AFC étaient justifiées. En effet, puisque la TVA a été facturée et perçue par les CFF au nom et pour le compte de D.________ SA, celle-ci doit se laisser imputer la part de TVA facturée par les CFF qui correspond aux rétrocessions qui lui sont octroyées. En cas de représentation directe, on doit considérer qu'il existe une obligation fiscale subjective au sens de l'art. 27 al. 2 LTVA à charge de la personne à laquelle la facture doit être attribuée même si elle ne l'a pas elle-même émise (cf. BÉATRICE BLUM, in Kommentar zum Schweizerischen Steuerrecht, MWSTG/LTVA, 2015, n° 9 ad art. 27 LTVA). Le résultat auquel sont parvenus les premiers juges est à cet égard conforme au système de la représentation directe, dans la mesure où c'est bien la personne représentée qui fournit la prestation principale. Comme il ressort de ce qui précède (consid. 6.1 supra), dans le contexte de l'art. 20 al. 2 LTVA, l'opération de base entre D.________ SA et un voyageur est réputée avoir lieu comme si les intermédiaires (soit les membres de l'Alliance SwissPass dont font partie les CFF) n'avaient pas existé.

Le recourant ne conteste à juste titre pas le raisonnement des premiers juges, selon lequel les conditions posées aux let. a et b de l'art. 27 al. 2 LTVA ne sont pas remplies.

6.5. Le recourant allègue encore que l'imposition en cause constituerait une double imposition effective, puisque les autorités fiscales étrangères auraient également imposé le chiffre d'affaire de D.________ SA relatif aux trajets situés sur le territoire étranger. Or une telle double imposition serait contraire à la volonté du législateur qui aurait conçu les règles de localisation en matière de TVA de telle sorte qu'elles soient compatibles avec le droit européen. Il en déduit que les considérations du Tribunal administratif fédéral selon lesquelles il n'existe pas en matière de TVA de conventions destinées à éviter la double imposition ne seraient pas convaincantes. Il ne considère pas davantage comme pertinent le raisonnement de l'instance précédente selon lequel le Conseil fédéral, malgré l'art. 9 LTVA - qui lui permet de fixer certaines règles afin d'éviter les distorsions de la concurrence induites par une double imposition ou une non-imposition qui affecteraient les prestations transfrontalières -, n'aurait pas adopté de disposition topique applicable aux circonstances du cas d'espèce, soit la navigation lacustre entre la Suisse et un pays limitrophe.

Contrairement à ce que soutient l'assujetti, l'imposition en cause ne repose pas sur le lieu de la fourniture de la prestation ("objet principal de l'impôt") mais bien sur la perception d'un "impôt complémentaire" au sens de l'art. 27 al. 2 LTVA ("ergänzendes Steuerobjekt"; cf. supra consid. 6.3.2). Partant, son argumentation fondée sur une double imposition qui résulterait de la détermination de la localisation des prestations de service litigieuses manque sa cible (sur l'objectif des règles de localisation en lien avec l'absence d'imposition ou d'une double imposition, cf. ATF 142 II 388 consid. 9.6.5; 133 II 153 consid. 5.1). Cela étant, en l'état actuel du droit, il n'existe aucune disposition légale qui permettrait d'éviter une éventuelle double imposition résultant dans le cas concret de l'application à l'assujetti de l'art. 27 al. 2 LTVA.

6.6. En définitive, l'argumentation du recourant relative à la facturation de la TVA suisse sur des prestations de service vendues en Suisse mais pouvant être fournies en Suisse et à l'étranger doit être écartée.

Le second point litigieux a trait aux conséquences des subventions reçues par le recourant de la part des collectivités publiques étrangères pour la déduction de l'impôt préalable.

7.1. Selon l'art. 18 al. 2 let. a LTVA, en l'absence de prestation ne font pas partie de la contre-prestation les subventions et autres contributions de droit public, même si elles sont versées en vertu d'un mandat de prestations ou d'une convention-programme au sens de l'art. 46 al. 2 Cst.

L'art. 75 al. 2 de l'ordonnance du 27 novembre 2009 régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA; RS 641.201) prévoit que si les éléments visés à l'art. 18 al. 2 let. a à c LTVA peuvent être imputés à un domaine d'activité déterminé, seul l'impôt préalable sur les dépenses pour ce domaine d'activité doit être réduit. Selon l'al. 3 de cette disposition, si les fonds éléments à l'art. 18 al. 2 let. a à c LTVA sont versés pour couvrir un déficit d'exploitation, l'impôt préalable doit être réduit globalement en fonction du rapport entre ces éléments et le chiffre d'affaires total, sans taxe sur la valeur ajoutée.

7.2.

7.2.1. Le Tribunal administratif fédéral a considéré que la compensation financière versée chaque année par les collectivités publiques étrangères devait être considérée comme des subventions au sens de l'art. 18 al. 2 let. a LTVA. En se référant à deux conventions entre ces entités publiques et D.________ SA conclues pour l'année civile 2017, il a ensuite retenu que les contributions des communes et du Département étranger de W.________ avaient profité à l'ensemble de l'activité de D.________ SA à l'étranger et en Suisse, et non pas uniquement à celle déployée sur les eaux étrangères car le déplacement des passagers sur le territoire lacustre étranger impliquait nécessairement qu'une partie du trajet fût effectuée sur les eaux suisses. Les subventions en cause couvraient ainsi le déficit de l'activité de D.________ SA dans sa totalité. Conformément à l'art. 75 al. 3 OTVA, elles devaient donc entraîner une réduction de la déduction de l'impôt préalable dans la proportion existant entre le montant des subventions suisses et étrangères et le chiffre d'affaires total hors TVA de D.________ SA.

7.2.2. Sans remettre en cause - à juste titre - le fait que les contributions reçues de la part des collectivités étrangères constituent des subventions qui ne sont pas soumises à la TVA (cf. art. 18 al. 2 let. a LTVA), le recourant soutient que les montants qu'elle reçoit seraient uniquement affectés aux activités déployées sur le territoire étranger et donc aux seules activités menées par D.________ SA à l'étranger. On comprend que par son argumentation, le recourant reproche au Tribunal administratif fédéral d'avoir violé le droit fédéral et demande que soit appliqué à son cas l'art. 75 al. 2 OTVA, en lieu et place de l'art. 75 al. 3 OTVA.

7.3.

7.3.1. À titre liminaire, il y a lieu de retenir que les deux conventions relatives à l'année 2017, intitulées chacune "convention relative au dispositif d'aide aux passagers transportés par D.________ sur les liaisons régulières desservant un port étranger" signées entre D.________ SA et les collectivités publiques étrangères font mention dans leur préambule de la Décision 2012/21/UE du 20 décembre 2011 de la Commission européenne relative à l'application de l'article 106, paragraphe 2, du traité sur le fonctionnement de l'Union européenne aux aides d'État sous forme de compensations de service public octroyées à certaines entreprises chargées de la gestion de services d'intérêt économique général (JO L 7 du 11 janvier 2012, p. 3; ci-après: la Décision de la Commission). De plus, la convention signée entre D.________ SA et le Département étranger de W.________, prévoit une contribution financière (art. 1) "qui est basée sur l'offre de transport établie par D.________ SA [...] pour les liaisons F.________, G.________ et H.________ (art. 2) et qu'en contrepartie de cet effort financier, D.________ SA s'engage à "assurer l'exploitation d'un service de transport public de passagers sur le lac E.________ sur les lignes définies à l'art. 2" (art. 3). Ensuite, la convention signée avec... et... fait état d'un service régulier de transport lacustre d'intérêt général pour le transport des frontaliers à partir des ports de Z.________, Y.________ et X.________ et prévoit que "les obligations de service public clairement définies imposées par la partie étrangère en termes de desserte notamment sont génératrices d'un coût net pour D.________ en ce qui concerne les lignes en cause". L'art. 3 de la convention précise que le montant des fonds alloués l'ont été conformément à l'art. 5 de la Décision de la Commission en fonction des modalités de calcul du coût net compensable.

Selon l'art. 5, par. 2 de la Décision de la commission, "le coût net peut être calculé sur la base de la différence entre les coûts tels que définis au paragraphe 3, et les recettes, telles que définies au paragraphe 4. Il peut également être calculé sur la base de la différence entre le coût net pour l'entreprise assurant l'obligation de service public et le coût net ou bénéfice de la même entreprise n'assurant pas l'obligation de service public".

7.3.2. En premier lieu, c'est à bon droit que le Tribunal administratif fédéral a constaté - sans arbitraire, contrairement à ce que prétend le recourant - que les contributions financières provenant de l'étranger ont permis de proposer à des voyageurs (frontaliers notamment) des trajets "par nature transfrontalière", de l'étranger en Suisse et inversement. En effet, les montants alloués par les collectivités publiques étrangères l'ont été par exemple en lien avec les liaisons F.________, G.________ et H.________. Les contributions financières concernaient donc des lignes lacustres transfrontalières entre la Suisse et l'étranger. De plus, les subventions prévues dans les conventions précitées ont été calculées selon la méthode prescrite par l'art. 5 par. 2 de la Décision de la commission. Par conséquent, les montants alloués par les collectivités publiques étrangères correspondent au coût net relatif aux lignes de transport lacustre en cause, soit la différence entre les coûts et les recettes pour celles-ci. Il en découle que les montants ainsi alloués ont profité à l'ensemble de l'activité de D.________ SA et non pas uniquement à celle déployée sur les eaux étrangères, comme le recourant le soutient en vain. Partant, l'instance précédente a fait une application correcte de l'art. 75 al. 3 OTVA en lien avec la réduction de la déduction de l'impôt préalable, puisque les montants litigieux visaient à couvrir un déficit d'exploitation (sur des lignes de navigation lacustre transfrontalières).

Le recours est par conséquent mal fondé sur ce point, étant précisé que le recourant ne conteste pas le calcul de la réduction de l'impôt préalable en instance fédérale.

Vu ce qui précède, les conclusions du recourant sont entièrement mal fondées.

9. Le recourant, qui succombe, doit supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (art. 68 al. 1 et 3 LTF).

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

Le recours est rejeté.

Les frais judiciaires de la procédure fédérale, arrêtés à 12'000 fr., sont mis à charge du recourant.

Le présent arrêt est communiqué aux parties et au Tribunal administratif fédéral, Cour I.

Lucerne, le 16 décembre 2024

Au nom de la IIIe Cour de droit public

du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Parrino

Le Greffier : Bürgisser

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