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Bundesgericht 
Tribunal fédéral 
Tribunale federale 
Tribunal federal 
 
 
 
 
1C_642/2022  
 
 
Arrêt du 7 novembre 2023  
 
Ire Cour de droit public  
 
Composition 
MM. les Juges fédéraux Kneubühler, Président, 
Chaix et Merz. 
Greffière : Mme Tornay Schaller. 
 
Participants à la procédure 
1. A.________ et B.A.________, 
2. C.________ et D.C.________, 
3. E.________, 
4. F.________, 
5. G.________, 
6. H.________, 
tous représentés par Me Diane Schasca-Brunoni, avocate, Etude d.avocats SA, 
recourants, 
 
contre  
 
I.________ SA, représentée par Mes Paul Hanna et Yannick Fernandez, avocats, 
intimée, 
 
Département du territoire du canton de Genève, Office des autorisations de construire, Service des affaires juridiques, case postale 22, 1211 Genève 8. 
 
Objet 
Autorisation de construire, 
 
recours contre l'arrêt de la Cour de justice du canton de Genève, Chambre administrative, du 1er novembre 2022 (ATA/1102/2022 A/1977/2021-LCI). 
 
 
Faits :  
 
A.  
I.________ SA est propriétaire de la parcelle n° 2'525 de la commune de Chêne-Bougeries, située en zone résidentielle destinée aux villas (5 ème zone de construction au sens de l'art. 19 al. 3 de la loi genevoise d'application de la loi fédérale sur l'aménagement du territoire du 4 juin 1987 [LaLAT; RSG L 1 30]). Cette parcelle, d'une superficie de 2'416 m 2, est en l'état vierge de toute construction. Entourée de tous côtés d'autres parcelles, son coeur, de forme plus ou moins rectangulaire, se situe à environ 60 m de la route de Florissant, à laquelle il est relié par une bande longeant notamment les parcelles appartenant à A.________ et B.A.________, C.________ et D.C.________, G.________ et H.________, alors qu'au nord se trouvent les biens-fonds appartenant à E.________ et F.________ (ci-après: A.________ et consorts).  
 
B.  
Le 15 février 2016, I.________ SA a déposé auprès du Département cantonal de l'aménagement, du logement et de l'énergie (aujourd'hui Département du territoire; ci-après: le Département), une demande définitive d'autorisation de construire, en vue de l'édification, sur sa parcelle, d'un habitat groupé de six logements à très haute performance énergétique (THPE), avec parking souterrain, impliquant l'abattage d'arbres. Sur demande du Département, I.________ SA a produit un deuxième projet modifié le 4 août 2016 puis, sur demande de l'Office cantonal de l'agriculture et de la nature (OCAN) un troisième projet modifié le 20 septembre 2016. Les préavis nécessaires ont été émis, finalement tous favorables ou favorables sous condition. 
Par décision du 11 novembre 2016 (DD 108'739-3), le Département a délivré "l'autorisation globale sollicitée" sur la base du "projet n° 3 du 20 septembre 2016", les conditions prévues dans les préavis de l'OCAN, de l'Office cantonal des transports (OCT), de la Commission d'architecture (CA) et de la police du feu faisant partie intégrante de la décision et devant être strictement respectées. Par jugement du 18 septembre 2017, le Tribunal administratif de première instance du canton de Genève (TAPI) a admis le recours et annulé l'autorisation de construire, au motif que le projet ne respectait pas les conditions cumulatives posées par l'art. 3 al. 3 du règlement d'application de la loi sur les constructions et les installations diverses du 27 février 1978 (RCI; RSG L 5 05.01). Par arrêt du 9 octobre 2018, la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève (ci-après: la Cour de justice) a partiellement admis le recours interjeté par I.________ SA contre ce jugement qu'elle a annulé: elle a renvoyé le dossier au Tribunal administratif de première instance au sens des considérants. Par arrêt du 3 décembre 2018 (1C_625/2018), le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours déposé contre cet arrêt. 
 
C.  
La police du feu a produit un nouveau préavis le 17 juin 2019, favorable sous condition dans la mesure où I.________ SA renonçait à la construction de la cave B3 et du couvert à poubelles sur l'emprise de la place de travail du service d'incendie et de secours (SIS) et moyennant le respect des règles de déclivité sur les zones concernées par la place de travail des sapeurs-pompiers. 
Par jugement du 13 août 2019, le TAPI a admis le recours interjeté par A.________ et B.A.________ contre la décision du 11 novembre 2016, a annulé l'autorisation de construire et a renvoyé la cause au Département pour complément d'instruction. Il a considéré qu'il ne pouvait être exclu que les deux modifications du projet requises par la police du feu aient une incidence sur l'appréciation de la commune dont le préavis était obligatoire et qui bénéficiait d'un droit de recours spécialement prévu par la loi. 
Par arrêt du 25 août 2020, la Cour de justice a déclaré irrecevable le recours interjeté contre le jugement du TAPI du 13 août 2019, considéré comme une décision incidente. 
 
D.  
Le 19 novembre 2020, le Département a enregistré le "plan du sous-sol/canalisations" et le "plan de masse" (n° 189_00_01) produits par I.________ SA, desquels il ressort que la cave B3 est devenue une extension du local technique attenant et que le couvert à poubelles initialement prévu sur l'emprise de la place de travail du service d'incendie et de secours est supprimé. Invitées à se déterminer sur le nouveau projet de construction modifié, la police du feu a émis un préavis favorable le 16 décembre 2020, alors que la commune s'est prononcée défavorablement le 28 janvier 2021. 
Par décision du 4 mai 2021 (DD 108'739-3), le Département a délivré "l'autorisation globale sollicitée" sur la base du "projet version n° 4 du 19 novembre 2020", précisant notamment que les conditions figurant dans le préavis liant de l'OCAN du 19 octobre 2016 relatif à l'abattage d'arbres et dans les préavis de l'OCT du 12 septembre 2016, de l'Office cantonal de l'eau du 29 août 2016, de la CA du 23 août 2016, de la police du feu du 16 décembre 2020, de la Direction de la mensuration officielle du 26 février 2016 et de la Direction générale du génie civil du 24 mars 2016, en faisaient partie intégrante et devaient être strictement respectées. 
A.________ et consorts ont recouru auprès du TAPI contre la décision du 4 mai 2021. Après avoir tenu audience le 18 mai 2022 et entendu notamment le représentant de la police du feu qui a rédigé le préavis du 16 décembre 2020, le TAPI a rejeté le recours par jugement du 24 mai 2022. Par arrêt du 1 er novembre 2022, la Cour de justice a rejeté le recours déposé par A.________ et consorts contre le jugement du 24 mai 2022.  
 
E.  
Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________ et consorts demandent principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt du 1 er novembre 2022, le jugement du 24 mai 2022 et l'autorisation de construire du 4 mai 2021. Ils concluent subsidiairement au renvoi de la cause à la Cour de justice, voire au TAPI, voire au Département, pour nouvelle décision au sens des considérants.  
La Cour de justice persiste dans les considérants et le dispositif de son arrêt. Le Département et l'intimée concluent au rejet du recours. Un deuxième échange d'écritures a eu lieu au terme duquel les parties ont maintenu leurs positions respectives. 
Par ordonnance du 10 janvier 2023, le Président de la Ire Cour de droit public du Tribunal fédéral a admis la requête d'effet suspensif présentée par les recourants. 
 
F.  
En parallèle à cette procédure, par nouvelle requête du 8 novembre 2019, I.________ SA a sollicité la délivrance d'une nouvelle autorisation de construire un habitat groupé de douze logements THPE sur sa parcelle. Cette autorisation DD 113'126 a été délivrée par le Département le 26 janvier 2022. Elle fait actuellement l'objet d'un recours devant le TAPI. 
 
 
Considérant en droit :  
 
1.  
Le recours est dirigé contre une décision prise en dernière instance cantonale (art. 86 al. 1 let. d LTF) dans le domaine du droit public de l'aménagement du territoire et des constructions (art. 82 let. a LTF). Dans la mesure où aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'est réalisée, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF. Les recourants ont pris part à la procédure devant l'instance précédente. En tant que copropriétaires de parcelles voisines de la parcelle objet de l'autorisation de construire litigieuse, ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué. Ils peuvent ainsi se prévaloir d'un intérêt personnel et digne de protection à l'annulation de l'arrêt attaqué. Ils bénéficient dès lors de la qualité pour recourir au sens de l'art. 89 al. 1 LTF
Les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il convient d'entrer en matière. 
 
2.  
Dans un grief d'ordre formel qu'il convient d'examiner en premier lieu, les recourants se plaignent d'un établissement manifestement inexact des faits (art. 97 al. 1 LTF). 
 
2.1. Le Tribunal fédéral statue sur la base des faits établis par l'autorité précédente (art. 105 al. 1 LTF), hormis dans les cas visés à l'art. 105 al. 2 LTF. Selon l'art. 97 al. 1 LTF, le recours ne peut critiquer les constatations de fait que si les faits ont été établis de façon manifestement inexacte - notion qui correspond à celle d'arbitraire - ou en violation du droit au sens de l'art. 95 LTF, et si la correction du vice est susceptible d'influer sur le sort de la cause (ATF 145 V 188 consid. 2). Le recourant doit expliquer de manière circonstanciée en quoi ces conditions seraient réalisées (cf. art. 106 al. 2 LTF). Les faits et les critiques invoqués de manière appellatoire sont irrecevables (ATF 145 I 26 consid. 1.3).  
 
2.2. En l'espèce, les recourants reprochent d'abord à la cour cantonale d'avoir mentionné ignorer sur quelle version du projet relatif à l'autorisation de construire DD 113'126 (autre demande d'autorisation de construire déposée le 8 novembre 2019 par l'intimée sur la même parcelle pour un projet similaire; cf. ci-dessus Faits let. F) portait le préavis de la Commission d'architecture. Comme le projet litigieux n'est pas celui de la requête précitée, cet élément n'a aucune incidence sur l'issue du litige.  
Les recourants font ensuite grief à la Cour de justice d'avoir considéré que le dossier était complet sans avoir procédé à l'audition d'un membre de la CA. Ce grief relève de l'appréciation des preuves et sera traité au considérant suivant. 
Par conséquent, le grief d'établissement arbitraire des faits doit être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. 
 
3.  
Dans un second grief formel, les recourants se plaignent d'une violation de leur droit d'être entendu, au motif que la demande d'audition d'un représentant de la CA a été refusée. 
 
3.1. Le droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. comprend le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 148 II 73 consid. 7.3.1; 145 I 167 consid. 4.1). De jurisprudence constante, l'autorité peut renoncer à procéder à des mesures d'instruction lorsque les preuves administrées lui ont permis de former sa conviction et que, procédant d'une manière non arbitraire à une appréciation anticipée des preuves qui lui sont encore proposées, elle a la certitude que ces dernières ne pourraient l'amener à modifier son opinion (ATF 145 I 167 consid. 4.1; 144 II 427 consid. 3.1.3). En matière d'appréciation des preuves et d'établissement des faits, il n'y a arbitraire que lorsque l'autorité ne prend pas en compte, sans aucune raison sérieuse, un élément de preuve propre à modifier la décision, lorsqu'elle se trompe manifestement sur son sens et sa portée, ou encore lorsque, en se fondant sur les éléments recueillis, elle tire des conclusions insoutenables (ATF 148 IV 39 consid. 2.3.5; 143 IV 500 consid. 1.1).  
 
3.2. En l'espèce, procédant par appréciation anticipée des preuves, la cour cantonale a considéré que le dossier était complet et en état d'être jugé: la procédure contenait d'ores et déjà le dossier du Département, dont de nombreux plans; les outils numériques permettaient de plus d'apprécier avec précision l'environnement, les caractéristiques architecturales du quartier, l'emplacement, les dimensions et le périmètre dans lequel le projet s'insérerait.  
Les recourants soutiennent que l'audition d'un membre de la CA serait nécessaire pour comprendre les différents préavis successifs de la CA qui seraient contradictoires et dont le dernier ne serait pas motivé. Les recourants perdent cependant de vue que le projet de construction a été adapté à plusieurs reprises en fonction des préavis de la CA pour finalement être accepté par la CA le 23 août 2016. La motivation du dernier préavis, conforme aux adaptations sollicitées, n'est pas indispensable (arrêt 1C_126/2020 du 15 février 2021 consid. 2.2). 
Ainsi, les intéressés ne démontrent pas que la Cour de justice aurait procédé à une appréciation anticipée des preuves entachée d'arbitraire en renonçant à administrer la preuve requise. Par conséquent, l'instance précédente pouvait, sans violer le droit d'être entendu des recourants, renoncer à procéder à une audition d'un représentant de la CA. Mal fondé, le grief doit être écarté. 
 
4.  
Les recourants soutiennent ensuite que la Cour de justice aurait appliqué de manière arbitraire différentes dispositions légales et réglementaires cantonales. 
 
4.1. Le Tribunal fédéral ne revoit l'interprétation et l'application du droit cantonal que sous l'angle de l'arbitraire. Une décision est arbitraire lorsqu'elle viole gravement une norme ou un principe juridique clair et indiscuté, ou lorsqu'elle contredit d'une manière choquante le sentiment de la justice et de l'équité. Le Tribunal fédéral n'a pas à déterminer quelle est l'interprétation correcte que l'autorité cantonale aurait dû donner des dispositions applicables; il doit uniquement examiner si l'interprétation qui a été faite est défendable. Par conséquent, si celle-ci ne se révèle pas déraisonnable ou manifestement contraire au sens et au but de la disposition ou de la législation cantonale en cause, elle sera confirmée, même si une autre solution paraît également concevable, voire préférable. De plus, il ne suffit pas que les motifs de la décision attaquée soient insoutenables, encore faut-il que cette dernière soit arbitraire dans son résultat (ATF 144 I 170 consid. 7.3). Dans ce contexte, la partie recourante est soumise aux exigences accrues de motivation de l'art. 106 al. 2 LTF.  
Le Tribunal fédéral s'impose une certaine retenue lorsqu'il s'agit de tenir compte de circonstances locales dont les autorités cantonales ont une meilleure connaissance que lui, ou de trancher de pures questions d'appréciation (cf. ATF 140 I 168 consid. 4.2.1; 138 II 77 consid. 6.7). 
 
4.2. Les recourants font d'abord grief à la Cour de justice de ne pas avoir appliqué les art. 59 al. 4bis et 156 al. 5 de la loi genevoise sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 (LCI; RSG L 5 05) au projet de construction, ce qui aurait entraîné l'annulation de l'autorisation de construire, faute d'un préavis favorable de la commune.  
 
4.2.1. L'art. 59 al. 4 LCI règle les rapports des surfaces en zone villas (5 ème zone). Dans sa teneur jusqu'au 28 novembre 2020, cet article (art. 59 al. 4 aLCI) prévoyait que lorsque les circonstances le justifient et que cette mesure est compatible avec le caractère, l'harmonie et l'aménagement du quartier, le département peut autoriser, après consultation de la commune et de la Commission d'architecture, un projet de construction en ordre contigu ou sous forme d'habitat groupé dont la surface de plancher habitable n'excède pas 40 % de la surface du terrain, 44 % lorsque la construction est conforme à un standard de haute performance énergétique, 48 % lorsque la construction est conforme à un standard de THPE, reconnue comme telle par le service compétent (let. a).  
Depuis le 28 novembre 2020, l'art. 59 al. 4bis LCI prévoit en outre que pour toutes les demandes d'autorisation de construire déposées avant le 1 er janvier 2023 un préavis communal favorable est nécessaire.  
L'art. 156 al. 5 LCI précise que les al. 3bis, 4 et 5 de l'art. 59, dans leur teneur du 1 er octobre 2020, s'appliquent aux demandes d'autorisation déposées après leur entrée en vigueur.  
 
4.2.2. L'autorité de recours doit appliquer le droit en vigueur au jour où l'autorité de première instance a statué. Font exception à cette règle, les cas dans lesquels une application immédiate du nouveau droit répond à un intérêt public prépondérant. Cette pratique s'est formée sur une analogie avec les dispositions du Titre final du CC, dont l'art. 1 prévoit en principe la non-rétroactivité des lois et l'art. 2 prévoit que les règles établies dans l'intérêt de l'ordre public et des moeurs sont applicables dès leur entrée en vigueur à tous les faits pour lesquels la loi n'a pas prévu d'exception (ATF 141 II 393 consid. 2.4 et les arrêts cités).  
 
4.2.3. En l'espèce, la Cour de justice a considéré que l'art. 59 al. 4bis LCI dans sa teneur depuis le 28 novembre 2020 ne trouvait pas application pour l'autorisation de construire litigieuse et que c'était l'art. 59 LCI (adopté le 26 janvier 2013) qui était applicable, de sorte qu'un préavis favorable de la commune n'était pas indispensable. Elle a d'abord rappelé que de jurisprudence constante le nouvel art. 59 al. 4bis LCI, entré en vigueur le 28 novembre 2020, compte tenu de l'intention du législateur exprimée dans les travaux préparatoires et quand bien même il n'était pas textuellement repris à l'art. 156 al. 5 LCI, était applicable seulement pour les demandes d'autorisation déposées après le 28 novembre 2020. Elle a ensuite relevé que la demande d'autorisation de construire litigieuse avait été déposée le 15 février 2016, soit avant l'entrée en vigueur de la modification de l'art. 59 al. 4bis LCI, de sorte que ladite disposition modifiée ne s'appliquait pas: le fait que cette demande d'autorisation de construire faisait l'objet d'une procédure qui durait depuis plusieurs années n'y changeait rien.  
Les recourants font valoir au contraire que cette interprétation irait à l'encontre des travaux préparatoires et ne prendrait pas en compte la volonté principale du législateur lors de la modification de la loi qui était d'impliquer sans délai les communes dans la planification de leur territoire. Il ressort cependant des travaux préparatoires relatifs à l'art. 59 LCI (PL 12'566) que le Département a proposé une disposition légale, en l'occurrence l'art. 156 al. 4 LCI (qui deviendra l'art. 156 al. 5 précité), prévoyant que "les nouvelles dispositions s'appliquent aux demandes d'autorisation déposées après l'entrée en vigueur de la loi": "il y aurait ainsi une succession immédiate de l'application des nouvelles dispositions sans délai" (p. 16 et p. 36) : il est mentionné "les nouvelles dispositions" (et non pas uniquement les al. 3bis, 4 et 5 de l'art. 59 LCI), ce qui rend soutenable la non-application de l'art. 59 al. 4bis LCI pour un projet déposé avant le 28 novembre 2020. 
Les recourants prétendent aussi que la Cour de justice aurait ignoré la jurisprudence relative à l'application de la loi dans le temps en matière de construction (voir consid. 4.2.2). Ce grief manque de pertinence dans la mesure où la cour cantonale a considéré à cet égard qu'il n'apparaissait pas que l'intérêt public protégé par l'art. 59 al. 4bis LCI puisse être qualifié de majeur ou de prépondérant au point de justifier son application immédiate. On ne saurait dès lors lui reprocher d'avoir arbitrairement jugé que l'art. 59 al. 4bis LCI dans sa teneur depuis le 28 novembre 2020 ne s'appliquait pas au projet litigieux. 
 
4.3. Les recourants se plaignent aussi d'une application arbitraire de l'art. 59 al. 4 aLCI. Ils estiment que la dérogation à la densité n'aurait pas dû être accordée. Une telle mesure ne serait pas compatible avec le caractère, l'harmonie et l'aménagement du quartier et ne se justifierait pas vu les circonstances. Ils reprochent à la Cour de justice de s'être contentée de s'en remettre automatiquement aux préavis de la CA.  
 
4.3.1. Lorsque les circonstances le justifient et que cette mesure est compatible avec le caractère, l'harmonie et l'aménagement du quartier, le département peut autoriser, à certaines conditions précisées aux let. a et b de l'art. 59 al. 4 aLCI, un projet de construction en ordre contigu ou sous forme d'habitat groupé à un taux de densification plus élevé que ceux mentionnés à l'art. 59 al. 1 LCI.  
La compatibilité du projet avec le caractère, l'harmonie et l'aménagement du quartier, exigée par l'art. 59 al. 4 aLCI, est une clause d'esthétique. Lorsqu'il s'agit d'examiner l'application de clauses d'esthétique de droit cantonal ou communal, le Tribunal fédéral intervient sous l'angle de l'arbitraire et fait en outre preuve de retenue dans l'appréciation des circonstances locales. Dans ce domaine, les autorités locales disposent en effet d'un large pouvoir d'appréciation (cf. ATF 142 I 162 consid. 3.2.2; 132 II 408 consid. 4.3). C'est le cas notamment lorsqu'il s'agit de savoir si une construction ou une installation est de nature à compromettre l'aspect ou le caractère d'un site, d'une localité, d'un quartier ou d'une rue (ATF 115 Ia 114 consid. 3d; arrêts 1C_340/2020 du 25 février 2021 consid. 2.3; 1C_104/2020 du 23 septembre 2020 consid. 2.3). 
 
4.3.2. En l'occurrence, la Cour de justice a traité ce grief de manière détaillée. Elle a d'abord considéré que le Département avait correctement instruit la demande d'autorisation de construire, en se penchant sur quatre projets successifs dont la dernière modification enregistrée le 19 novembre 2020 avait reçu son agrément: il avait recueilli l'ensemble des préavis nécessaires, dont ceux de la commune - défavorable - et de la police du feu - favorable - en dernier lieu. La cour cantonale a relevé que, sur le plan architectural, la Commission d'architecture avait rendu quatre préavis; elle avait, d'abord en mars et avril 2016, demandé la suppression des courettes anglaises des sous-sols et l'abaissement du vide d'étage de l'attique, afin de minimiser l'impact de la superstructure; elle avait ensuite rendu un préavis favorable en août 2016, avec la seule condition que lui soient soumises pour approbation les teintes et matériaux avant commande, et avec dérogation à l'art. 59 LCI.  
L'instance précédente a ensuite considéré qu'aucun élément au dossier ne permettait de retenir que la CA n'avait pas examiné de façon attentive la requête d'autorisation de construire: le fait qu'elle ait d'abord émis un premier préavis critique témoignait du contraire; la constructrice avait modifié son projet s'agissant de la hauteur du vide d'étage; la CA ne s'était effectivement pas opposée au projet quelques mois après son premier préavis, nonobstant l'absence de modification quant aux courettes anglaises; il ne ressortait toutefois pas du dossier que ces courettes poseraient problème sur le plan architectural ou violeraient des dispositions légales ou réglementaires; la CA avait donc effectivement changé d'avis sur ce point, mais n'avait émis aucune réserve concernant les qualités architecturales du projet ni une quelconque incompatibilité de celui-ci avec le caractère, l'harmonie et l'aménagement du quartier; la brièveté de la motivation de son préavis ne signifiait pas qu'elle n'aurait pas examiné de manière complète et circonstanciée l'intégration du projet dans le quartier. 
Enfin, s'agissant de la présence d'habitat groupé dans le périmètre concerné, la Cour de justice a rappelé que la modification de l'aménagement de tels quartiers avait d'ores et déjà été entamée dans nombre de communes afin de pallier les problématiques d'aménagement du territoire, conformément à la volonté du législateur. Elle a ajouté que le législateur avait eu conscience de l'évolution du visage des quartiers de villas et avait souhaité encourager la réalisation de ces nouvelles formes d'habitat (groupé ou en ordre contigu), lorsqu'il avait augmenté les indices d'utilisation du sol dérogatoires susceptibles d'être appliqués dans cette zone; il avait considéré cette évolution comme une réponse utile et nécessaire aux problèmes de l'exiguïté du territoire et à la pénurie de logements. 
 
4.3.3. Face à ces considérations circonstanciées, les recourants se contentent, comme ils l'avaient déjà fait devant la cour cantonale, d'affirmer que les préavis de la CA seraient contradictoires et lacunaires, rendus avant le gel des dérogations de 2019, de sorte qu'ils ne seraient plus d'actualité. Comme s'ils plaidaient devant une cour d'appel, ils reprochent à la cour cantonale de ne pas avoir accordé plus d'importance au préavis de la CA du 3 décembre 2019 en lien avec la nouvelle autorisation de construire DD 113'126 (dans lequel il est mentionné que l'implantation centrée de la construction ne tient pas compte de la topographie du terrain et que l'expression architecturale était monumentale). Ils ne répondent cependant pas à l'argumentation étoffée que la cour cantonale a développée sur ce point. Celle-ci a notamment retenu à cet égard qu'on ignorait sur quelle version du projet en cause la CA, dans cette autre procédure différente de la présente, s'était penchée et si en définitive elle avait rendu un préavis favorable, en quoi le projet autorisé avait répondu à ses demandes de modifications.  
Partant, les recourants n'exposent pas en quoi le projet de la présente procédure serait concrètement incompatible avec le caractère, l'harmonie et l'aménagement du quartier. Ils se bornent en réalité à substituer leur appréciation à celle du Département, ce qui ne suffit pas à rendre déraisonnable l'argumentation de l'instance précédente. Ils ne parviennent ainsi pas à démontrer que les motifs objectifs sur lesquels s'est fondée la Cour de justice pour confirmer l'octroi de la dérogation seraient insoutenables, ce d'autant moins que le Tribunal fédéral s'impose une retenue dans l'appréciation de circonstances locales. Le grief d'application arbitraire de l'art. 59 al. 4 let. a aLCI doit ainsi être rejeté dans la mesure de sa recevabilité. 
 
4.4. Les recourants font aussi valoir une application arbitraire de l'art. 59 al. 3 let. c (recte: let. d) LCI. Ils reprochent à la cour cantonale de s'être fondée sur cette disposition pour ne pas comptabiliser la surface des deux vérandas dans la surface brute de plancher (SBP).  
 
4.4.1. La LCI distingue, concernant le rapport des surfaces en zone villas, les constructions de peu d'importance - lesquelles ne sont pas prises en considération pour le calcul du rapport des surfaces (art. 59 al. 7 LCI) - des serres, jardins d'hiver ou constructions analogues en matériaux légers et de dimensions modestes que le Département peut renoncer à prendre en compte dans le calcul du rapport des surfaces, lorsque les circonstances le justifient et que cette mesure est compatible avec le caractère, l'harmonie et l'aménagement du quartier (art. 59 al. 3 let. d LCI).  
La jurisprudence cantonale retient qu'une véranda entre dans la catégorie des serres, jardins d'hiver ou constructions analogues en matériaux légers. S'agissant de la "dimension modeste", cette même jurisprudence a posé que, lorsqu'il s'agit d'une maison d'habitation conforme à la zone, une véranda d'une surface inférieure à 20 m2 n'est en général pas prise en compte dans le calcul du rapport des surfaces. Les arrêts sur le sujet cités par les recourants ont ainsi cautionné la décision du Département de ne pas prendre en compte la surface de vérandas d'une surface de 6,66 m2 (ATA/125/2008 du 18 mars 2008 consid. 8), de 18 m2 (ATA/39/2019 du 15 janvier 2019 consid. 3/e) et de 19 m2 (ATA/475/2011 du 26 juillet 2011 consid. 6). En revanche, le Département pouvait prendre en compte dans le calcul du rapport des surfaces une véranda de 20,01 m2 (ATA/792/2001 du 27 novembre 2001 consid. 5/d). Sur la question du cumul des surfaces de vérandas, les intimés citent - sans être contredits sur ce point - un arrêt cantonal selon lequel quatre vérandas d'une surface totale de 65,69 m2 et desservant quatre villas contiguës sont admissibles (ATA/1305/2018 du 4 décembre 2018 consid. 11). 
 
4.4.2. Se référant à la jurisprudence précitée, la cour cantonale a rappelé qu'elle avait déjà retenu dans le cadre du projet litigieux, au consid. 5 de son arrêt ATA/1064/2018 du 9 octobre 2018, que la surface des deux vérandas projetées, de 40 m 2 au total - non chauffées - n'avait pas à être comptabilisée comme SBP. Elle s'appuyait à cet égard sur le préavis favorable de la CA.  
Contrairement à ce que soutiennent les recourants, une telle motivation n'est pas arbitraire. 
L'art. 59 al. 3 let. d LCI prévoit que peuvent être exclues du calcul du rapport des surfaces des constructions "de dimensions modestes", sans en préciser la surface. La formulation de la loi laisse ainsi une marge de manoeuvre à l'autorité d'exécution. Dès lors, à rigueur du texte de la loi, retenir qu'une véranda non chauffée d'une surface de 20 m 2 peut être exclue du calcul des rapports de surface n'est ni choquant ni insoutenable. La jurisprudence cantonale a certes concrétisé sur ce point la loi en estimant qu'en général seule une surface inférieure à 20 m 2 pouvait encore être qualifiée de modeste. On ne saurait cependant attribuer à la jurisprudence cantonale la rigueur d'un texte de loi. Dans ses précédentes décisions, la cour cantonale a conséquemment statué que des vérandas de 6,66, 18 et 19 m 2 constituaient des constructions modestes, alors que tel n'était pas le cas d'une véranda de 20,01 m 2. Les recourants ne peuvent dès lors pas affirmer qu'il existe une jurisprudence cantonale établie qui proscrirait toute véranda d'une superficie exacte de 20 m 2. On ne saurait dans tous les cas pas déceler là une contradiction entre les arrêts cantonaux précités et la décision querellée, contradiction éventuellement susceptible de contrevenir - à défaut de raison objective - à l'interdiction de l'arbitraire (cf. ATF 135 II 78 consid. 3.2; 122 I 57 consid. 3c/aa). Dans ces conditions, la cour cantonale pouvait retenir - sans sombrer dans l'arbitraire ni violer de manière insoutenable le droit cantonal - que la qualification de "dimension modeste" s'appliquait encore à deux constructions, indépendantes l'une de l'autre, de 20 m2 chacune atteignant tout juste la limite jurisprudentielle. Le caractère non arbitraire d'une telle décision est encore renforcé par le préavis de la CA, auquel s'est référée la cour cantonale, lequel est favorable au projet tel qu'incluant les deux vérandas litigieuses.  
Par conséquent, le grief d'application arbitraire de l'art. 59 al. 3 let. d LCI doit être écarté. 
 
4.5. Les recourants se plaignent encore d'une application arbitraire de l'art. 96 al. 1 RCI en lien avec les art. 7.4 et 7.5 de la directive n° 7 du règlement d'application de la loi sur la prévention des sinistres, l'organisation et l'intervention des sapeurs-pompiers du 25 juillet 1990 (RPSSP; RSG F 4 05.01). Ils se prévalent aussi d'un déni de justice (art. 29 al. 2 Cst.).  
 
4.5.1. Conformément à l'art. 96 al. 1 RCI, hormis les villas, toute construction au sens de l'art. 1 let. a et c RCI, doit être facilement accessible aux engins du service du feu. Des emplacements résistants doivent être aménagés, de façon à permettre aux engins de sauvetage du service du feu d'atteindre, par les façades, les zones définies, selon le type d'affectation des bâtiments.  
Ces éléments sont précisés dans la directive technique n° 7 du RPSSP (art. 96 al. 2 RCI). Le ch. 7.4 de cette directive intitulé ("voies d'accès") prévoit, s'agissant de la résistance de celles-ci, que les chaussées et aires d'accès doivent être construites en matériau dur pouvant supporter une charge de 25 t (let. a). La largeur minimale de la chaussée doit être de 3,50 m en ligne droite. Pour un rayon intérieur de chaussée égal ou supérieur à 7 m, la largeur minimum de la chaussée doit être de 5 m, pour un rayon intérieur égal ou supérieur à 9 m, de 4,50 m et pour un rayon intérieur de chaussée égal ou supérieur à 13 m, de 4 m. La hauteur libre de passage doit être de 4,50 m et un dévers de 5 % maximum est possible (let. b). La pente de la voie d'accès doit être de 15 % au maximum (let. c). 
Le ch. 7.5 de cette directive précise encore que la largeur de la zone de travail doit être de 5 m au minimum et la longueur de la zone de travail doit être de 12 m au minimum. 
 
4.5.2. En l'espèce, les recourants font d'abord valoir que la zone de travail pour les pompiers ne serait pas dimensionnée correctement et empiéterait sur le début de la pente de la rampe d'accès au parking. La plate-forme pompiers est de 5 m sur 12 m, ce qui est conforme au point 7.5 let. b RPSSP. Sans se plaindre d'une violation du droit intercantonal, les recourants citent toutefois la Directive concernant les accès, surfaces de manoeuvre et d'appui pour les moyens d'intervention sapeurs-pompiers du 4 février 2015 (Directive CSSP), qui impose pour les bâtiments de moyenne hauteur (jusqu'à une hauteur de 30 m) une zone de travail de 6 m de large et de 11 m de long au minimum.  
A cet égard, la cour cantonale a pris en compte le fait que le projet avait été modifié pour tenir compte de l'avis de la police du feu du 12 mars 2019: le couvert à poubelles et la cave B3 avaient été supprimés; le projet avait aussi été modifié s'agissant des pentes pour les places de travail des SIS qui devaient être de 11 % (déclivité) et 5 % (dévers); la police du feu avait ensuite émis un préavis favorable, sous conditions, le 17 juin 2019, puis le 16 décembre 2020, sans observations; elle n'avait, à cette dernière occasion, élevé aucune remarque quant aux voies d'accès pour les engins du SIS. La Cour de justice a ajouté que le représentant de la police du feu avait confirmé en audience devant le TAPI que l'accès d'un camion du SIS à la plateforme pompiers ne serait pas problématique, même si celui-ci devait emprunter la rampe; ce représentant avait aussi attesté que les dimensions de cette plateforme étaient suffisantes pour le projet en cause, compte tenu de son gabarit, considéré par la police du feu comme un "bâtiment de faible hauteur", de sorte que l'utilisation d'un camion tonne-pompe, de dimension réduite, serait suffisante en cas de sinistre; le Département avait rappelé que selon les plans, le dernier étage de la construction sera occupé uniquement par des vérandas non chauffées et des salles-de-bains; le représentant de la police du feu avait quant à lui précisé que les pompiers pourraient intervenir dans les étages supérieurs avec des échelles portatives. 
En définitive, la Cour de justice a considéré que vu la teneur fouillée du premier préavis de la police du feu et les diverses exigences y requises, les modifications apportées au projet en conséquence, le préavis en définitive favorable de cette instance et sa confirmation en audience par son auteur, étant rappelé l'aspect technique des questions en cause, il convenait de s'en remettre à l'avis de l'instance spécialisée. 
 
4.5.3. Quoi qu'en dise le recourant, la cour cantonale n'a pas retenu que le bâtiment en cause était de faible hauteur mais a simplement relevé que les explications fournies par le représentant de l'instance spécialisée et le Département à cet égard emportaient conviction. De plus, les recourants ne démontrent pas en quoi les dimensions de la plateforme pompier seraient insuffisantes, alors que le dernier étage est atteignable avec des échelles portatives. Il y a ainsi lieu de considérer que les services compétents ont implicitement approuvé une dérogation à la Directive CSSP. Par conséquent, avec la retenue dont fait preuve le Tribunal fédéral s'agissant de l'examen de circonstances locales, l'interprétation qui a été faite par la cour cantonale en lien avec la plateforme pompiers est défendable, même si une autre solution paraît aussi concevable, voire préférable.  
Concernant ensuite la déclivité de la pente de la rampe, les recourants émettent des craintes quant à la capacité des engins du service du feu à empiéter sur la rampe menant au parking. L'instance précédente a cependant relevé que le représentant de la police du feu avait indiqué que l'accès par le virage ne posait pas de problème, même si le camion devait emprunter la rampe qui a une déclivité de 5 %. Les recourants ne démontrent nullement en quoi ces engins ne pourraient pas atteindre la plateforme en empruntant la rampe. Ils ne font en réalité que substituer leur appréciation à celle de l'autorité technique. Ils ne parviennent ainsi pas à établir que la Cour de justice aurait appliqué arbitrairement l'art. 96 al. 1 RCI. 
S'agissant enfin de la largeur du virage, la Cour de justice a considéré qu'elle n'apparaissait pas inférieure à 4,5 m pour un rayon de courbure de 9 m (en se fondant sur le plan de masse n° 189_00_01 du 17 novembre 2020), ce qui était conforme à l'art. 7.4 let. b de la Directive n° 7 du RPSSP. Les recourants tentent de créer une confusion en se référant à une ébauche de plan produite antérieurement (qui présente un autre calcul de la largeur de la chaussée). Ils ne peuvent être suivis puisque l'on ne voit pas en quoi le fait de ne pas avoir indiqué que d'autres plans que celui cité par la Cour de justice pour retenir que cette largeur n'était pas inférieure à 4,5 m rendrait cette affirmation arbitraire. Dans la mesure où les juges cantonaux ont constaté que ce plan faisait partie intégrante de l'autorisation de construire et qu'il était déterminant, ils n'ont pas fait preuve d'arbitraire en s'y référant. Le grief doit par conséquent être rejeté. 
 
4.6. Les recourants se plaignent enfin d'une mise en danger inacceptable de leurs arbres, en violation des art. 1, 14 et 16 du règlement genevois sur la conservation de la végétation arborée du 27 octobre 1999 (RCVA; RSG L 4 05.04).  
 
4.6.1. Le RCVA a pour but d'assurer la conservation, à savoir la protection, le maintien et le renouvellement, de la végétation formant les éléments majeurs du paysage (art. 1 RCVA). Il est applicable aux arbres situés en dehors de la forêt, telle que définie à l'art. 2 de la loi genevoise sur les forêts du 20 mai 1999 (LForêts; RSG M 5 10), ainsi qu'aux haies vives et boqueteaux présentant un intérêt biologique ou paysager (art. 2 al. 1 RCVA).  
Selon l'art. 3 al. 1 RCVA, aucun arbre ne peut être abattu ou élagué, ni aucune haie vive ou aucun boqueteau coupé ou défriché sans autorisation préalable du département. 
Il ressort de l'art. 14 al. 1 RCVA que les propriétaires, mandataires, requérants, constructeurs ou autres usagers de terrains sont tenus de veiller avec la plus grande attention à la préservation des arbres, haies vives et boqueteaux existants. Selon l'art. 14 al. 2 RCVA, il leur incombe de traiter les arbres malades ou dépérissants (let. a); de prendre, notamment lors de travaux, toutes précautions utiles pour assurer la survie des arbres, haies vives et boqueteaux, en se conformant aux directives édictées par le département (let. b); d'appliquer les mesures arrêtées par le département destinées à prévenir et réparer les dégâts causés par des organismes nuisibles particulièrement dangereux (let. c). 
L'autorisation d'abattage d'arbres ou de défrichage de haies vives et de boqueteaux est assortie, en principe, de l'obligation de réaliser des mesures compensatoires (art. 15 al. 1 RCVA). Une valeur de remplacement est attribuée aux végétaux dont l'abattage ou le défrichage est autorisé (art. 15 al. 2 RCVA). 
L'art. 16 RCVA prévoit que le Département du territoire édicte des directives en matière de sauvegarde des végétaux maintenus, de leur mise en valeur et de l'exécution correcte des mesures compensatoires. 
C'est dans ce cadre qu'a été élaborée la directive concernant les mesures à prendre lors de travaux à proximité des arbres, laquelle a pour objectif de définir la notion d'espace vital d'un arbre et de préciser les mesures qui doivent être prises lors de travaux pour respecter la végétation conservée (art. 1). Le domaine vital correspond à la zone d'extension des racines vitales de l'arbre. Par principe, aucune construction ne sera tolérée dans ce domaine. Il correspond à l'espace aérien et souterrain à protéger défini par la projection au sol de la couronne plus 1 m. Pour les arbres fastigiés, cet espace protégé est défini par la projection au sol d'un tiers de la hauteur de l'arbre plus 1 m selon le même principe. Une dérogation à ce principe n'est accordée qu'en cas d'impératif majeur, en fonction de l'arbre et du type de construction projetée, et elle est toujours accompagnée de mesures propres à limiter l'impact de l'intervention (dalle suspendue par exemple) (art. 2). 
 
4.6.2. En l'occurrence, les recourants reprochent à la cour cantonale de ne pas avoir expliqué en quoi consisterait l'impératif majeur qui justifierait une intervention dans le domaine vital de leurs arbres. Ils prétendent que le préavis de l'OCAN du 19 octobre 2016 à cet égard serait obsolète et qu'il aurait dû être actualisé.  
Sur cette question, la cour cantonale a essentiellement renvoyé au raisonnement détaillé du TAPI: celui-ci avait analysé de manière approfondie ce point et était arrivé à la conclusion que, conformément à la directive cantonale, des mesures adéquates étaient ordonnées afin de limiter l'impact de l'intervention envisagée (arrêt attaqué consid. 10c; jugement du TAPI [JTAPI/542/2002] du 24 mai 2022 consid. 36). Ce mode de procéder est admissible au regard de l'art. 112 al. 1 let. b LTF même si la possibilité de renvoyer aux motifs de l'instance précédente devrait être utilisée avec réserve (Grégory Bovey, Commentaire LTF, 3 e édition 2022, n. 29 ad art. 112 et les réf.). Le renvoi présente ici le mérite d'être précis et l'argumentation du TAPI est suffisamment élaborée. Les recourants ont d'ailleurs été en mesure de développer une argumentation complète contre le contenu matériel de la décision attaquée et n'émettent pas de grief relatif au mode de procéder de la cour cantonale.  
La Cour de justice a ajouté, au sujet du caractère obsolète du préavis, que des mesures strictes et détaillées étaient prévues afin de limiter l'impact du projet sur la végétation (réalisation d'une dalle suspendue à l'ouverture du chantier, mulch et arrosage à mettre en place sous les arbres conservés, zone de parking visiteurs réalisée en matériau perméable posé sur le terrain naturel, intervention d'un arboriste-conseil, mesures de protection devant être validées 30 jours après l'ouverture du chantier). Elle a encore relevé que "quand bien même la végétation [était] susceptible d'avoir évolué depuis lors, c'[était] bien [30 jours après l'ouverture du chantier] que l'OCAN pourra concrètement déterminer que les mesures nécessaires à la préservation des essences en cause auront été prises".  
Pour contester cette argumentation, les recourants se contentent d'affirmer que la mise en danger de leurs arbres aurait été ignorée. Ils ne prétendent toutefois pas que les mesures de protection imposées par l'OCAN seraient insuffisantes ou n'atteindraient pas leur but. Ils n'allèguent pas non plus que l'intervention sur place de l'instance spécialisée 30 jours après l'ouverture du chantier pour les valider ne permettrait pas de tenir compte de l'éventuelle modification de la végétation. 
Dans ces conditions, la cour cantonale n'a pas fait preuve d'arbitraire dans l'application des art. 1, 14 et 16 RCVA en se fondant sur le préavis de l'instance spécialisée pour confirmer l'absence de danger inacceptable des arbres des recourants. Le grief doit donc être écarté. 
 
5.  
Il s'ensuit que le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité. 
Les recourants, qui succombent, doivent supporter les frais judiciaires (art. 66 al. 1 LTF). L'intimée, qui obtient gain de cause avec l'assistance d'un avocat, a droit à des dépens, à la charge des recourants (art. 68 al. 1 et 2 LTF). 
 
 
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :  
 
1.  
Le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité. 
 
2.  
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 francs, sont mis à la charge des recourants. 
 
3.  
Une indemnité de dépens de 4'500 francs est allouée à l'intimée, à la charge des recourants. 
 
4. Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants et de l'intimée, au Département du territoire du canton de Genève et à la Chambre administrative de la Cour de justice du canton de Genève.  
 
 
Lausanne, le 7 novembre 2023 
 
Au nom de la Ire Cour de droit public 
du Tribunal fédéral suisse 
 
Le Président : Kneubühler 
 
La Greffière : Tornay Schaller