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Tribunale federale 
Tribunal federal 
 
{T 0/2} 
2A.46/2007 /ajp 
 
Arrêt du 20 septembre 2007 
IIe Cour de droit public 
 
Composition 
MM. et Mme les Juges Merkli, Président, 
Wurzburger, Müller, Yersin et Karlen. 
Greffier: M. Dubey. 
 
Parties 
X.________, 
recourante, représentée par Me Werner Gautschi, avocat, 
 
contre 
 
Autorité de surveillance des institutions de la prévoyance et des fondations du canton de Neuchâtel, Office de surveillance, rue du Parc 117, 2301 La Chaux-de-Fonds, 
Commission fédérale de recours en matière de prévoyance professionnelle, vieillesse, survivants 
et invalidité, p.a. Tribunal administratif fédéral, 
3000 Berne 14. 
 
Objet 
Liquidation partielle d'une fondation patronale, plan de répartition, 
 
recours de droit administratif contre la décision de la Commission fédérale de recours en matière de prévoyance professionnelle, vieillesse, survivants et invalidité, du 28 novembre 2006. 
 
Faits : 
A. 
X.________ (ci-après: la Fondation) a été créée le 9 décembre 1941. Selon l'art. 2 de ses statuts du 14 janvier 1958, "la Fondation a pour but la création d'une caisse de retraite au profit du personnel de Y.________ et peut étendre son but à d'autres oeuvres sociales en faveur de ce personnel, tels que: caisses de secours pour ouvriers et employés tombés involontairement dans le besoin, leurs veuves et orphelins; création de réfectoires; maisons de vacances; institutions à buts culturel, récréatif, sportif, à l'exclusion de toutes prestations ayant le caractère d'une rémunération du travail ou dérivant d'une obligation légale incombant à Y.________". Les art. 4 et 6 des statuts prévoient que le financement est constitué de prestations consenties chaque année par l'assemblée générale de Y.________ ainsi que d'intérêts de capitaux, de dons, de legs et allocations diverses. 
 
Depuis lors, Y.________ est devenue A.________ SA dont les filiales suisses sont B.________ SA, C.________ SA, D.________ SA, E.________ SA et F.________ SA (ci-après: le groupe A.________). Les sociétés du groupe sont affiliées à la convention collective de travail des industries horlogère et microtechnique suisses (ci-après: CCT ou la convention collective). 
 
Fondée en 1986, la Caisse de pensions du groupe A.________ (ci-après: la Caisse) a pour but d'assurer le personnel des sociétés du groupe contre les conséquences économiques de la retraite, de l'invalidité et de la mort, en assurant des prestations fixées par voie réglementaire et conformes à la loi fédérale sur la prévoyance professionnelle, vieillesse, survivants et invalidité. 
 
En 2003, l'effectif des assurés actifs de la Caisse étant passé de 379 à 289 personnes, l'Autorité de surveillance des institutions de prévoyance et des fondations de la République et canton de Neuchâtel (ci-après: l'Autorité de surveillance) a décidé que les conditions d'une liquidation partielle de la Caisse étaient réunies et a approuvé le plan de réduction des prestations de sortie tenant compte d'un taux de couverture de 93,5% au 31 décembre 2002. 
 
Durant l'année 2003, sur requête de nombreuses personnes licenciées, l'Autorité de surveillance a requis de la Fondation des informations sur sa situation, en particulier sur les comptes des exercices 1999 à 2003. Au 31 décembre 2003, les actifs de la Fondation s'élevaient à 891'485 fr. 11. Les comptes 2003 montraient que la Fondation avait versé un montant de 106'062 fr. pour longs rapports de service. L'Autorité de surveillance a alors invité la Fondation à décider de sa liquidation partielle. 
 
Dans un courrier du 6 mai 2004 adressé à la Fondation, l'Autorité de surveillance a pris acte d'un plan de répartition, agréé par le syndicat de la Fédération des travailleurs de la métallurgie et de l'horlogerie (FTMH). Ce plan proposait 250 fr. par années de service pour les personnes ayant plus de 20 ans de services mais moins de 60 ans et 100 fr. supplémentaires par année d'âge pour les personnes ayant plus de 20 ans de service et ayant entre 50 et 60 ans. Dans le même courrier, l'Autorité de surveillance a demandé des explications sur les raisons pour lesquelles les personnes de plus de 60 ans ne participaient pas à la répartition. 
 
Dans un courrier du 7 mai 2004 adressé à la Fondation, l'Autorité de surveillance a constaté que le montant de 106'062 fr. était en fait l'indemnité compensatoire en cas de licenciement économique en faveur des employés de plus de 60 ans prévue par l'art. 9.9 al. 3 CCT. Destinée à remplir une obligation de l'employeur, l'indemnité ne pouvait donc être versée par la Fondation en application de ses statuts, de sorte que cette dernière avait une créance de 106'062 fr. à l'encontre de l'employeur. L'Autorité de surveillance invitait enfin la Fondation à inclure dans le plan de répartition les personnes âgées de plus de 60 ans même si elles étaient au bénéfice de l'indemnité compensatoire précitée. 
 
Le 14 octobre 2004, n'ayant pas obtenu satisfaction malgré de nombreux rappels, l'Autorité de surveillance a rendu une décision constatant que les conditions d'une liquidation partielle de la Fondation étaient réunies et rejetant le plan de répartition proposé. Elle invitait la Fondation à inclure les personnes de plus de 60 ans dans le plan de répartition et à inscrire à l'actif de son bilan une créance de 106'062 fr. contre l'employeur. 
B. 
Le 1er novembre 2004, la Fondation a interjeté recours contre la décision rendue le 14 octobre 2004 par l'Autorité de surveillance auprès de la Commission fédérale de recours en matière de prévoyance professionnelle vieillesse, survivants et invalidité (ci-après: la Commission fédérale de recours) concluant à son annulation. A l'appui de son recours, elle affirmait que son plan de répartition s'inspirait de l'accord trouvé lors d'une vague de licenciements comparables en 1999 entre l'employeur, la FTMH et le Département neuchâtelois de l'économie publique, de sorte qu'en le refusant, l'Autorité de surveillance violait le principe de la bonne foi. L'exclusion des personnes de plus de 60 ans se justifiait par le fait qu'elles avaient reçu des indemnités équivalant à trois mois de salaire. 
C. 
Par décision du 28 novembre 2006, la Commission fédérale de recours a rejeté le recours. Selon la jurisprudence, les employés avantagés par un plan social devaient bénéficier de prestations réduites dans le cadre d'une liquidation partielle de la fondation par rapport aux autres employés (moins favorisés par le plan social). Il fallait toutefois traiter différemment les prestations offertes en vertu d'un plan social, sans obligation légale ou contractuelle, de celles versées en vertu de la convention collective. Les employés de plus de 60 ans, qui avaient bénéficié d'une indemnité conventionnelle, ne pouvaient par conséquent être exclus du plan de répartition de la Fondation sans que le principe d'égalité de traitement ne soit violé. L'Autorité de surveillance avait en outre ordonné à bon droit à la Fondation d'inscrire à l'actif de son bilan une créance d'un montant de 106'062 fr., puisque ce dernier avait été versé par la Fondation en violation de l'art. 2 des statuts alors qu'il devait l'être par l'employeur. L'Autorité de surveillance n'avait au surplus jamais formulé de promesses laissant croire à la Fondation qu'elle pouvait adopter un plan de répartition écartant les employés de plus de 60 ans. 
D. 
Agissant par la voie du recours de droit administratif, la Fondation demande au Tribunal fédéral, sous suite de frais et dépens, d'annuler la décision rendue le 28 novembre 2006 et de renvoyer la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Elle soutient qu'en considérant que le droit à l'égalité n'était pas respecté, la Commission fédérale a violé le pouvoir d'appréciation dont jouissait le conseil de fondation dans l'établissement d'un plan de répartition. Elle conteste en outre que l'indemnité compensatoire soit une prestation ayant le caractère d'une rémunération du travail ou dérivant d'une obligation légale incombant à Y.________ au sens de l'art. 2 des statuts et doive être réintégrée à l'actif de son bilan. 
 
 
Le Département neuchâtelois de l'économie propose le rejet du recours. Le Tribunal administratif fédéral, qui a remplacé la Commission fédérale, ainsi que l'Office fédéral des assurances sociales renoncent à déposer des observations. 
 
Le Tribunal fédéral considère en droit: 
1. 
1.1 L'arrêt attaqué a été rendu avant l'entrée en vigueur, le 1er janvier 2007, de la nouvelle loi sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF; RS 173.110). Le présent recours doit dès lors être examiné au regard des dispositions de la loi fédérale d'organisation judiciaire du 16 décembre 1943 (OJ; art. 132 al. 1 LTF). 
1.2 Déposé en temps utile contre une décision fondée sur le droit public fédéral et prise par une commission fédérale de recours, sans qu'aucune des exceptions prévues aux art. 99 à 102 OJ ou dans la législation spéciale ne soit réalisée, le présent recours est en principe recevable comme recours de droit administratif en vertu des art. 97 ss OJ ainsi que de l'art. 74 al. 4 LPP (arrêt 2A.189/2002 du 10 octobre 2002, consid. 1.1; ATF 119 Ib 46 consid. 1b-c p. 49 s.). 
2. 
Conformément à l'art. 104 lettre a OJ, le recours de droit administratif peut être formé pour violation du droit fédéral, y compris l'excès et l'abus du pouvoir d'appréciation (ATF 128 II 145 consid. 1.2.1). Le Tribunal fédéral revoit d'office l'application du droit fédéral qui englobe notamment les droits constitutionnels du citoyen (ATF 130 III 707 consid. 3.1 p. 709; 130 I 312 consid. 1.2 p. 318). Comme il n'est pas lié par les motifs que les parties invoquent, il peut admettre le recours pour d'autres raisons que celles avancées par le recourant ou, au contraire, confirmer la décision attaquée pour d'autres motifs que ceux retenus par l'autorité intimée (art. 114 al. 1 in fine OJ; ATF 131 II 361 consid. 2 p. 366; 130 III 707 consid. 3.1 p. 709 et les arrêts cités). 
 
En revanche, lorsque le recours est dirigé, comme en l'occurrence, contre les décisions d'une autorité judiciaire, le Tribunal fédéral est lié par les faits constatés dans les décisions, sauf s'ils sont manifestement inexacts ou incomplets ou s'ils ont été établis au mépris de règles essentielles de procédure (art. 104 lettre b et 105 al. 2 OJ). En outre, le Tribunal fédéral ne peut pas revoir l'opportunité des décisions entreprises, le droit fédéral ne prévoyant pas un tel examen en la matière (art. 104 lettre c ch. 3 OJ; ATF 131 II 361 consid. 2 p. 366, 131 III 182 consid. 1 p. 184). 
3. 
3.1 La décision de l'Autorité de surveillance confirmée par la Commission fédérale de recours étant antérieure au 1er janvier 2005, les art. 53c ss LPP, introduits par la loi fédérale du 3 octobre 2003 sur la 1ère révision LPP ne lui sont pas applicables. Par ailleurs, le champ d'application de l'art. 23 LFLP (dans sa version en vigueur avant le 1er janvier 2005) était limité aux rapports de prévoyance par lesquels une institution de prévoyance accorde des prestations réglementaires auxquelles les bénéficiaires ont un droit lors de la survenance d'un cas de prévoyance (art. 1 al. 2 LFLP). Les fondations patronales qui, comme la recourante, n'offrent que des prestations discrétionnaires à leurs bénéficiaires, n'y étaient pas soumises (Jacques-André Schneider, Fonds libres et liquidations de caisses de pensions, éléments de jurisprudence, in RSAS 45/2001, p. 451 ss, p. 479 n° 71). 
 
Il est vrai que, dans un arrêt du 10 octobre 2002, le Tribunal fédéral a jugé que l'art. 23 LFLP pouvait s'appliquer par analogie à la liquidation partielle d'une fondation patronale de bienfaisance (arrêt 2A.189/2002 du 10 octobre 2002, consid. 3.3). Les faits de cet arrêt toutefois se distinguent de ceux de la présente affaire: contrairement à la recourante, la fondation qui était en cause à l'époque avait été financée au moins en partie par des cotisations d'employés et avait accordé un droit à des prestations. En outre, le litige portait sur le principe d'une liquidation partielle de la fondation et ses conditions. 
 
Tel n'est pas l'objet du présent litige qui porte sur la conformité de l'utilisation des biens de la fondation eu égard à ses buts et sur le bien-fondé des critères de répartition de la fortune retenus par le conseil de la recourante, l'obligation de liquider partiellement la recourante n'étant pas litigieuse. Au surplus, la recourante n'a été financée, semble-t-il, que par les sociétés du groupe et n'accorde pas de droit ferme à des prestations aux éventuels bénéficiaires. Par conséquent, c'est à la lumière des dispositions générales du droit des fondations (arrêt 2A.402/2005 du 15 février 2006, consid. 3; ATF 110 II 436; cf. Hans-Ulrich Stauffer, Berufliche Vorsorge, Schulthess 2005, p. 489 s., n° 1305, 1306), qu'il convient d'examiner la présente cause. 
3.2 D'après l'art. 80 CC, la fondation a pour objet l'affectation de biens en faveur d'un but spécifique. La description du but de la fondation en est un élément essentiel et a pour effet d'en délimiter les tâches et d'en exclure d'autres imposant ainsi l'obligation à ses organes d'employer les biens de la fondation conformément à leur destination (Hans Michael Riemer, Berner Kommentar, Die Stiftungen, vol. I/3, Berne 1975, n° 36 ad art. 80 CC). D'après l'art. 84 al. 2 CC, l'autorité de surveillance pourvoit à ce que les biens des fondations soient employés conformément à leur destination. Le pouvoir de surveillance de l'autorité est toutefois limité par le principe de la liberté du fondateur et celui de l'autonomie de la fondation (Parisima Vez, La fondation: lacunes et droit désirable, Berne 2004, p. 260 et les références de jurisprudence et de doctrine citées), et consiste par conséquent uniquement à examiner si le conseil de fondation a agi conformément à la loi et dans les limites de son pouvoir d'appréciation (Kurt Schweizer, Rechtliche Grundlagen der Anwartschaft auf eine Stiftungsleistung in der beruflichen Vorsorge, Thèse Zurich 1985, p. 121 et les références citées; Jacques-André Schneider, op. cit., p. 472 n° 56). Un examen plus large de l'autorité de surveillance constitue une violation du principe d'autonomie de la fondation. 
3.3 En matière de liquidation partielle d'une fondation patronale, le large pouvoir d'appréciation du conseil de fondation dans le choix des critères de répartition est limité non seulement par l'obligation de respecter les buts statutaires et réglementaires mais également par l'obligation de respecter les principes généraux du droit que sont l'interdiction de l'arbitraire, le principe de l'égalité de traitement et le principe de la bonne foi (ATF 119 Ib 46 consid. 4c p. 54; 110 II 436 consid. 4 p. 442 s.; cf. Hans-Michaël Riemer, Fragen der Teilliquidation von Einrichtungen der beruflichen Vorsorge unter besonderer Berücksichtigung des Grundsatzes der Gleichbehandlung, RSAS 1999, p. 347 ss, spéc. p. 348 et 351 ss). En particulier, le principe d'égalité de traitement commande que les avantages qui proviennent d'un plan social en cas de licenciement pour raisons économiques soient coordonnés avec ceux résultant du plan de liquidation partielle de la fondation. Bien qu'étant en principe indépendants les uns des autres ces avantages poursuivent néanmoins les mêmes buts de prévoyance (arrêt 2A.501/2002 du 20 mars 2003; 2A.224/1997 du 27 août 1998 in: RSAS 1999, p. 318, Hans-Michaël Riemer, op. cit., p. 354). 
4. 
La recourante soutient que la Commission fédérale de recours a violé son autonomie en confirmant l'obligation d'inscrire à l'actif de son bilan une créance de 106'062 fr. Ce faisant, elle aurait violé les statuts de la Fondation. 
4.1 La Commission fédérale de recours a constaté que la recourante avait versé un montant de 106'062 fr. à titre de primes pour longs rapports de travail. Considérant qu'il s'agissait d'une obligation de l'employeur découlant des contrats de travail conclus avec ses employés, elle a jugé que ce versement violait l'interdiction faite à la Fondation de verser des prestations ayant le caractère d'une rémunération du travail au sens de l'art. 2 des statuts du 14 janvier 1958. Le montant en cause devait être payé par l'employeur et sa prise en charge par la Fondation devait lui être remboursée, de sorte qu'elle avait une créance envers celui-ci qui devait être portée à l'actif de son bilan. 
 
Dans son mémoire (cf. p. 6), la recourante ne conteste pas que les employés de plus de 60 ans à qui elle a versé ce montant ont été mis au bénéfice de la clause 9.9 al. 3 de la convention collective selon laquelle "après huit années d'activité et en cas de licenciement pour cause économique, le délai légal de congé selon l'art. 335c al. 1 CO est prolongé de trois mois pour les travailleurs âgés de plus de 60 ans; à défaut, l'employeur verse au travailleur une indemnité compensatoire équivalant à trois mois de salaire." Elle est toutefois d'avis que la Commission fédérale de recours ne pouvait pas assimiler ces indemnités conventionnelles à des prestations salariales dérivant d'une obligation légale incombant à Y.________, du moment qu'elles ne reposaient pas sur des dispositions légales, mais revêtaient un caractère éventuel et avaient été négociées et convenues avec les syndicats. 
4.2 La recourante se méprend sur la portée des obligations qui résultent de l'art. 9.9 al. 3 CCT. En effet, même si le contenu d'une convention collective de travail fait en principe l'objet de négociations entre employeurs ou association d'employeurs d'une part et les associations de travailleurs d'autre part, en particulier les syndicats (art. 356 al. 1 CO), il n'en demeure pas moins qu'une fois la convention collective signée, sauf disposition conventionnelle contraire, les clauses relatives à la conclusion, au contenu et à l'extinction des contrats individuels de travail ont, pour la durée de la convention, un effet direct et impératif envers les employeurs et travailleurs qu'elles lient (art. 57 al. 1 CO). Par conséquent, l'art. 9.9 al. 3 CCT lie la société fondatrice de la recourante envers ses employés âgés de plus de soixante ans: Ou bien, l'employé est tenu de poursuivre son travail et reçoit le salaire afférent à ses trois dernier mois de travail, ou bien, il est libéré de cette obligation et reçoit une indemnité compensatoire équivalant à trois mois de salaire. Bien que négociée et favorable à la réinsertion professionnelle des travailleurs âgés de plus de 60 ans, cette seconde solution, une fois décidée, conserve son caractère obligatoire, de sorte que, quoi qu'en pense la recourante, l'indemnité compensatoire revêt le caractère d'une rémunération du travail au sens de l'art. 2 des statuts de la Fondation, même si, à proprement parler, il ne s'agit pas d'une obligation légale incombant à l'employeur. La recourante ayant procédé à un versement exclu par l'art. 2 de ses statuts, il appartenait à l'Autorité de surveillance de pourvoir à ce que les biens de la fondation soient employés conformément à leur destination (art. 84 al. 2 CC), ce qu'elle a fait dans sa décision du 14 octobre 2004. A bon droit, cette dernière n'a pas précisé qui était le débiteur de cette créance, de sorte que les reproches de la recourante sur ce point tombent à faux. Il appartient à celle-ci de rechercher quelles sociétés du groupe A.________ étaient les anciens employeurs des bénéficiaires de l'indemnité compensatoire pour se faire rembourser. 
 
En confirmant la décision de l'Autorité de surveillance qui enjoignait à la recourante d'inscrire une créance de 106'062 fr. à l'actif de son bilan, la Commission fédérale de recours n'a donc pas violé l'autonomie de la Fondation. Mal fondé, le grief de la recourante doit être rejeté. 
5. 
5.1 La Commission fédérale de recours a jugé l'exclusion des employés licenciés âgés de 60 ans et plus contraire au droit à l'égalité de traitement. A son avis, les prestations versées en vertu de la convention collective de travail devaient être traitées différemment de celles offertes en vertu d'un plan social. L'indemnité compensatoire constituant une obligation résultant de la convention collective de travail et non pas une prestation volontaire payée en vertu d'un plan social, elle ne pouvait par conséquent pas justifier la suppression de toute participation aux fonds distribués lors de la liquidation partielle. 
 
La recourante soutient que la Commission fédérale de recours a aussi indûment empiété sur son autonomie En effet, en recevant de sa part et avec l'accord des syndicats, une indemnité compensatoire équivalant à trois mois de salaire, les employés de plus de 60 ans, libérés de l'obligation de travailler, ont pu bénéficier de prestations plus avantageuses que les employés de moins de 60 ans. 
5.2 En droit suisse, le plan social ne fait pas l'objet d'une réglementation spécifique. D'après la jurisprudence, lorsqu'il s'agit d'une offre unilatérale de l'employeur et que l'employé l'accepte, il fait alors partie intégrante de son contrat individuel de travail. Lorsqu'il fait suite à des négociations conduites avec les syndicats ou la commission du personnel, il prend la forme d'une convention collective. S'il est intégré dans le règlement de l'entreprise, il doit être traité comme un contrat collectif de travail (ATF 133 III 213 consid. 4.2 p. 214 ss; 132 III 32 consid. 6.1 p. 43 s. et les références citées). 
5.3 En l'espèce, les partenaires sociaux ont négocié un plan social en faveur des employés touchés par les licenciements effectués en 2003 en application de l'art. 9.10 CCT, selon lequel lors d'un licenciement pour raison économique, l'employeur ainsi que les secrétaires patronal et FTMH établissent en commun, de cas en cas, un document contenant l'ensemble des mesures économiques et sociales concernant le personnel touché. Ce plan social s'apparentait à une convention collective. Il n'en demeure pas moins qu'il avait pour but de pallier aux désagréments provoqués par les licenciements en cause. Il poursuivait par conséquent un but voisin si ce n'est identique à celui assigné à la recourante, en particulier celui de porter secours aux employés tombés involontairement dans le besoin. Dans ces conditions, il entrait dans le pouvoir d'appréciation du conseil de fondation de la recourante de coordonner les avantages de la convention collective de travail des industries horlogère et microtechnique suisses avec ceux résultant de la liquidation partielle de la Fondation patronale, d'autant plus que l'indemnité compensatoire accordée aux employés de plus de 60 ans entrait précisément dans les mesures socio-économiques susceptibles d'être accordées en application de l'art. 9.10 CCT, autrement dit dans le cadre d'un véritable plan social. Quoi qu'en pense la Commission fédérale de recours, qui fait une lecture trop formaliste de la jurisprudence, le fait que cet avantage ait été stipulé par les employeurs avant les licenciements économiques de 2003 n'y change rien. 
 
Par conséquent, en affirmant que les indemnités versées en vertu de la convention collective de travail doivent être traitées différemment de celles offertes en vertu d'un plan social et que par conséquent les prestations de la recourante ne pouvaient pas être coordonnées avec l'indemnité compensatoire en cause, la Commission fédérale de recours a indûment substitué son appréciation à celle de la recourante. 
5.4 Il reste à examiner si l'exclusion pure et simple des employés de plus de 60 ans gratifiés de l'indemnité compensatoire, comme l'a décidée concrètement la recourante dans l'établissement de son plan de répartition, est conforme au principe d'égalité de traitement. La situation des employés âgés de plus de 60 ans doit faire l'objet d'un examen concret par rapport à la situation des autres employés licenciés en 2003. 
Procédant à une comparaison concrète, la recourante fait valoir que les employés de plus de 60 ans ont perçu une indemnité compensatoire de 15'125 fr. en moyenne, alors que si les règles prévues par le plan de répartition leur avait été appliquées, ils auraient reçu chacun 10'250 fr., soit 4'400 fr. de moins. Elle ne montre toutefois pas comment ces chiffres sont établis et le dossier ne contient pas suffisamment d'éléments de fait (âge, durée d'activité, salaires, situation personelle et montants effectivement versés) permettant une comparaison concrète et complète de la situation des employés âgés de plus de 60 ans et des autres employés licenciés. Par ailleurs une coordination de la mesure de l'art. 9.9 al. 3 CCT et du plan de répartition ne suppose pas la suppression de toute participation des employés de plus de 60 ans à la fortune à répartir. La précarité plus grande de leur situation - que prend partiellement en compte la mesure prévue par la CCT - justifie qu'ils participent également au plan de répartition de la Fondation. En effet, celle-ci ne saurait considérer que l'avantage accordé à cette catégorie d'employés par la CCT la libère de toute obligation à leur égard, car cela reviendrait à reprendre à son propre profit une partie de l'avantage que leur accorde la CCT, ce qui serait contraire au but de secours envers les employés. Dans ces conditions, il convient de renvoyer l'affaire au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision. Il appartiendra donc à la recourante de modifier le plan de répartition litigieux, après réintégration dans ses comptes du montant de 106'062 fr., en respectant le principe d'égalité de traitement au vu de la situation de tous les employés licenciés en 2003. 
6. 
Les considérants qui précèdent conduisent à l'admission partielle du recours, à l'annulation de la décision rendue le 28 novembre 2006 par la Commission fédérale de recours en tant qu'elle porte sur le plan de répartition et au renvoi de l'affaire au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision au sens des considérants. 
 
Une émolument judiciaire réduit est mis à la charge de la recourante (art. 156 al. 1 et 3 OJ). Succombant partiellement, l'Autorité de surveillance des fondations du canton de Neuchâtel versera une indemnité de partie réduite à la Fondation recourante qui a obtenu partiellement gain de cause avec l'aide d'un mandataire professionnel (art. 159 OJ; arrêt B 29/97 du 26 février 1999 in SZS 2001 p. 190). 
 
Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce: 
1. 
Le recours est partiellement admis et la décision rendue le 28 novembre 2006 par la Commission fédérale de recours annulée en tant qu'elle concerne le plan de répartition de la recourante. 
2. 
L'affaire est renvoyée au Tribunal administratif fédéral pour nouvelle décision au sens des considérants. 
3. 
Un émolument judiciaire de 3'000 fr. est mis à la charge de la recourante. 
4. 
Une indemnité de dépens de 1'500 fr. à charge de l'Autorité de surveillance des institutions de la prévoyance et des fondations du canton de Neuchâtel est allouée à la recourante. 
5. 
Le présent arrêt est communiqué en copie au mandataire de la recourante, à l'Autorité de surveillance des institutions de la prévoyance et des fondations du canton de Neuchâtel et au Tribunal administratif fédéral qui a remplacé la Commission fédérale de recours en matière de prévoyance professionnelle, vieillesse, survivants et invalidité, ainsi qu'à l'Office fédéral des assurances sociales. 
Lausanne, le 20 septembre 2007 
Au nom de la IIe Cour de droit public 
du Tribunal fédéral suisse 
Le président: Le greffier: