Les mesures d'assainissement constituent des restrictions de la propriété, qui doivent remplir les conditions posées par l'art. 36 Cst., c'est-à-dire être justifiées par un intérêt public et respecter le principe de la proportionnalité. Dans le cadre de l'art. 80 al. 1 LEaux, le législateur a procédé à une pesée des intérêts générale et abstraite et a décidé que les assainissements jusqu'au seuil du dédommagement correspondaient à un intérêt public prépondérant et étaient exigibles (consid. 2.7.1).

Les assainissements sont admissibles pour autant qu'ils ne portent pas atteinte à la substance de droits acquis. La question de savoir si une intervention étatique respecte la substance de ces droits s'examine d'après le caractère économiquement supportable de l'intervention pour le bénéficiaire du droit. Le critère du caractère économiquement supportable a pour but de conserver la valeur des investissements effectués légalement (consid. 2.7.2).

Pour déterminer l'étendue de l'obligation d'assainir, il est pertinent de partir de la production moyenne de l'installation pendant une durée représentative suffisamment longue. Il faut en outre évaluer les diverses mesures d'assainissement possibles ainsi que leur potentiel écologique et rechercher concrètement les déficits de production et les diminutions de recettes induites par chacune d'entre elles. Ensuite, il convient de combiner une série de mesures judicieuses et de déterminer si celle-ci utilise pleinement le cadre des restrictions admissibles, sans l'outrepasser. Lors d'un assainissement au sens de l'art. 80 al. 1 LEaux, il sied de choisir la variante qui, sous réserve des limites du caractère économiquement supportable, présente un rapport coût-efficacité écologique, respectivement un potentiel écologique, optimal (consid. 2.7.3).

Pour évaluer la portée des restrictions supportables, respectivement exigibles, il faut se baser sur les aspects opérationnels concrets de l'ouvrage titulaire d'une concession. On doit en particulier tenir compte du bénéfice, de la durée de la concession et de la portée des amortissements déjà effectués. En cas de rentabilité bonne à très bonne et d'installations convenablement amorties, des mesures d'assainissement impliquant des diminutions de la production, respectivement des recettes, de plus de 5 % peuvent se justifier (consid. 2.7.4).

Dans le cadre de l'art. 80 al. 2 LEaux, on doit procéder à une pesée des intérêts pour la partie de l'assainissement qui va au-delà des prescriptions de l'art. 80 al. 1 LEaux. On peut en particulier partir des objectifs de protection des objets inscrits à l'inventaire. Les mesures d'assainissement de l'art. 80 al. 2 LEaux ne doivent être ordonnées que si elles s'imposent en vue d'une amélioration urgente et indispensable de la situation (consid. 3.7).